Un commando armato guidato dal pericoloso McKenas Cole, in cerca di una vendetta sul suo ex-boss Arvin Sloane, fa irruzione all'SD-6 facendo ostaggi tutti gli uomini del personale. Sidney e Jack lavorano insieme per salvare i colleghi. Will capisce che le sue indagini possono metterlo in pericolo di vita, soprattutto dopo l'omicidio di Eloise Kurtz.