La pioggia rossa cade dal cielo e manda nel panico gli abitanti della terra. Anna tiene Ryan in isolamento per poter studiare suo figlio, metà umano e metà alieno, mentre Chad, umiliato per essere stato usato, vuole unire le proprie forze a quelle della Quinta Colonna. Erica chiede aiuto ad uno scienziato, Sidney Miller, per capire le intenzioni dei Visitors.

La Quinta Colonna organizza atti terroristici nelle sedi aliene sparse nel mondo, ma i Visitors non sono il target principale. Anna chiede aiuto alla madre, Diana, per sconfiggere la razza umana sfruttando la loro capacità di provare emozioni, e ricatta Ryan tramite la figlia chiedendogli di proteggere la loro specie. Erica scopre la verità sulla sua collega, l'agente Malik.

Erica scopre che il dna di Tyler è stato modificato dai Visitors e che la sua collega Malik è un alieno. Anna si accorge della sua assenza e ordina a Ryan di cercarla, Lisa si rende conto che il suo corpo sta cambiando e che sta diventando sempre di più come la madre.

La Quinta Colonna si mette in contatto con Eli Cohn, a capo di una corrente interna al gruppo ma radicale e più violenta. Anna si reca a Roma insieme a Chad per chiedere al Vaticano di sospendere Padre Jack, sospettato di alimentare l'odio verso i Visitors, e incontra Padre Moreau. Tyler, dopo la morte di alcuni suoi amici, decide di vendicarsi.

Per il compleanno di Tyler, Anna cerca di "corromperlo" proponendogli di essere il primo umano a guidare una navicella spaziale nel progetto "Concordia". Erica, preoccupata, chiama il suo ex marito Joe per cercare di far cambiare idea al ragazzo, ma non riuscendoci progetta - insieme ad Eli Cohn - un attentato ai danni di Anna.

Anna, infastidita dai continui attacchi della Quinta Colonna, chiede a Ryan di occuparsene e distruggerla, cosa che gli costerà la fiducia di Erica. Padre Trevis chiede a Jack di lasciare la chiesa, come ordinato dal Vaticano e Lisa incontra per la prima volta Diana, che credeva fosse morta.

Mentre il legame tra Lisa e Diana si fa più forte, Anna scopre che, nonostante la pioggia rossa, il livello di fosforo nel corpo di Tyler è basso e che quindi potrebbe esserle inutile. Erica nel frattempo si reca a Bangkok dove la Quinta Colonna si riunisce per elaborare la prossima mossa ai danni di Anna e dei Visitors.

Erica, ormai a capo della Quinta Colonna, guida i suoi compagni in un attacco ad alto rischio contro i Visitors. Anna si avvicina sempre di più al suo obiettivo di distruzione dell'umanità ma sorge un problema con i DNA dei pretendenti per Lisa. Nel frattempo Ryan cerca di entrare di nascosto nella navicella madre per rapire la figlia.

La Quinta Colonna scopre che le basi Concordia sono solo aree di atterraggio per le navicelle, così da ultimare l'invasione dei Visitors. Per aiutarli, Lisa dà loro l'energia elettromagnetica che serve a costruirle in modo da sabotare la messa in opera, ma qualcosa va storto. Intanto Anna cerca un modo per "benedire" il genere umano e piegarlo al suo volere, a costo di mettere a rischio la sua vita.