Un anno dopo la scomparsa di Alison, Aria torna a Rosewood dopo esser stata in Islanda con la famiglia. Le cose sono molto cambiate dalla sua partenza. Nel frattempo arriva anche una nuova ragazza in città, che si trasferisce nella casa di Alison e fa subito amicizia con Emily .

Jenna torna definitivamente in città e le ragazze si sentono parecchio in colpa per via dell'incidente e oltretutto hanno sempre il detective alle calcagne. Si rendonono anche conto che loro non sanno quasi nulla d Allison mentre invece lei sapeva tutti i loro segreti... Emily, nel frattempo si avvicina sempre di più a Mya e Aria vuole lasciare il corso di Ezra.

Hanna continua ad aver a che fare con il Detective Darren Wilden sia a casa che a scuola. Nel frattempo alla Rosewood High torna anche Toby, il fratello di Jenna e questo preoccupa le ragazze. Spencer è anche stressata a casua della situazione a casa oltre che dei suoi innumerevoli impegni.

Le ragazze decidono di bloccare le chiamate da parte dei sonosciuti, ma questo basterà a fermare A.? Spencer viene informata che grazie al compito di storia è stata nominata per un premio. Emily trova le foto di lei e Mya nel suo libro nel frattempo che cerca di affrontare Toby. Aria e Ezra, invece, cercano di capire la loro relazione.

Le ragazze diventano sempre più spaventate da A. e Hanna è spempre più sospettosa su Jenna. In casa Montogomery l'agitazione è alle stelle cosiAria cerca di passare il più tempo possibile fuori casa. Spencer incontra un nuovo ragazzo al country club e Emily non vuole rivlare le sue nuove amicizie con le altre.

E' arrivato il ballo scolastico e Hanna è nominata per essere reginetta, mentre viene spinta da alle altre a cercare di recuperare la cartella di Jenna. Nel frattempo, Aria cerca di spiegarsi con Ezra e Spencer è alle prese sia con l'organizzazione del ballo sia con il suo primo appuntamento.

Emily torna a casa dall'ospedale ma la polizia non è convinta del suo racconto e Toby è scomparso. Hanna ha paura per aver preso la sua cartella clinica. Spencer cerca di convincere Alex a darle una seconda chance. Aria cerca Ezra mentre deve anche affrontare la sua situazione a casa.

Le ragazze stanno organizzando il memorial di Alison finchè non arriva Jason, il fratello di lei che si prende a carico della cosa. Nel frattempo affiorano i ricordi e Spencer, sopratutto, è preoccupata di cosa potrebbe dire Jenna al memorial.

Il maltempo colpisce Rosewood proprio il giorno del SAT e tutti sono intrappolati a scuola fino al cessato allarme. Nel frattempo, il Detective Wilden indaga sull'atto vandalico al monumento di Alison e Emily ha qualcosa da nascondere...

Quando compaiono nuove prove sul'omicidio di Alison, FBI arriva in città cosi le ragazze decidono di fare glamping (campeggio glam)per il compleanno di Mona. Ma quando ricevono un sms da A dicendo che sarà alla festa, Spencer pensa che sarà la loro chance per porre fine alle minaccie.

Subito dopo l'incidente di Hanna, il mondo delle ragazze si ritroverà sottosopra. "A" non si accontenta più di giocare al gatto e al topo, ma ha deciso di dare una svolta più pericolosa alla situazione. Con Hanna in ospedale, a conoscenza della vera identità di "A", le ragazze si troveranno a chiedersi come sia possibile essere arrivate a questo punto e come faccia questa persona a sapere tutto su di loro.

Il ritorno a casa di Hanna dovrebbe essere un momento felice, ma l'essere bloccata su una sedia a rotelle e sentirsi continuamente osservata da "A" la fa sentire in un film di Hitchcock. Per quanto le sue amiche cerchino di aiutarla, anche loro hanno dei problemi da affrontare: Spencer è ancora sconvolta dalla sorpresa di Melissa mentre Emily spera di risolvere le tensioni con i suoi genitori.

Le relazioni delle ragazze continuano a cambiare. Quando Noel decide di aumentare le minacce verso Ezra, lui ed Aria capiscono che non c'è via di scampo. Emily deve affrontare le opposizioni della madre nei confronti della sua vita amorosa. Spencer si trova a ricevere di nuovo in casa i neo sposi Melissa ed Ian. Intanto, Hanna riprende delle vecchie abitudini.

Durante il dance-a-thon organizzato per pagare un viaggio a Washington DC, le ragazze sono distratte da altri pensieri. Hanna non riesce a trovare un lavoro, Emily pensa solo a Maya e al suo bisogno di parlarle, Spencer non trova più il suo portatile e ha paura che le sia stato rubato da Ian, mentre Aria vede Ezra frequentare la sua vecchia babysitter.

Le ragazze cercano di tornare alla normalità, ma anche le cose più semplici diventano complicate. Emily deve fare i conti con una compagna di squadra gelosa; Aria ed Ezra organizzano il loro primo vero appuntamento. Hanna è ancora bloccata nei giochi di A. Intanto, Spencer parla con Jason per saperne di più sulla notte in cui è morta Alison.

Una gara di nuoto cruciale per la scuola, diventa lo scenario di un'esperienza tumultuosa per Aria, Emily, Hanna e Spencer. Emily continua a confrontarsi con Page; Caleb riscuote un favore da Hanna. Intanto, Spencer inizia a fare la tutor per Toby, ma il risultato non sarà quello che si aspettava.

È tempo di colloqui tra insegnanti e genitori, dove il padre di Aria si ritroverà faccia a faccia con Mr. Fitz. Ai colloqui, la madre di Emily avrà un violento scontro con il padre di Paige. Intanto, Spencer cerca di risolvere il mistero del biglietto datole da Toby, mentre Hanna e sua madre, hanno a che fare con un uomo che dice di essere qualcun altro.

Aria decide di aiutare Ezra con lo spettacolo teatrale della scuola, ma la situazione finirà per mettere a repentaglio la loro relazione. Hanna cerca di parlare alla madre di Caleb, in modo da poterlo ospitare "allo scoperto". Emily cerca di riavvicinarsi a Toby, mentre Spencer si trova ad affrontare nuovamente Ian.

Dopo una scioccante rivelazione da parte della polizia, il riflettore è nuovamente puntato sulle quattro ragazze. Ma se tutto punta verso Ian, come potrebbero sbagliare? O si tratta di un altro gioco di A? Con i poliziotti che pretendono risposte da Aria, Emily, Hanna e Spencer, le ragazze continueranno a mantenere i loro segreti o esporranno A?

I riflettori sono rivolti tutti su Spencer. La polizia la considera la principale sospettata nell'omicidio di Allison. Intanto, Aria sbaglia ad inviare un sms, finendo per insospettire i genitori; Emily cerca di aiutare Paige ad essere onesta con se stessa, mentre Hanna scopre la verità su Caleb.

Le ragazze continuo a mantenere dei segreti, ma non sono le uniche. Aria scopre per caso una foto della passato di Ezra e non sa come comportarsi; Hanna non riesce a superare la rottura con Caleb; Emily cerca ancora di aiutare Paige nel fare coming out e finisce per conoscere qualcun altro; Spencer viene ancora seguita dalla polizia.