Con la sparizione del corpo di Ian, le ragazze sono nuovamente al centro dell'occhio pubblico. Verrà loro consigliato di incontrare una terapista, in modo da ricevere l'aiuto necessario per superare la morte dell'amica. Intanto, a Spencer viene vietato di incontrare Toby; Aria cerca di risolvere le cose con Ezra; Hanna riceve una visita ed Emily si prepara ad andarsene.

Le quattro ragazze sono ancora costretta a stare lontane, almeno per mantenere le apparenze. In questa situazione, Emily cerca di convincere la madre a restare a Rosewood, approfittando dell'opportunità di una borsa di studio; Hanna riceve una visita dal padre; Spencer cerca di aiutare Toby ed Aria sembra essere pronta a dire addio ad Ezra.

Dovendo mantenere ancora le distanze, le quattro ragazze cercano di distrarsi in modo da riempire le loro giornate. Aria decide di partecipare a dei corsi di ceramica; Emily continua a concentrarsi sulla sua carriera di nuotatrice e su come poter rimanere a Rosewood; Hanna, non avendo nessun hobby, decide di chiedere a Lucas di lasciarla partecipare nella stesura dell'annuario; Spencer continua a trovare sospetto l'arrivo di Jason.

Dopo aver aiutato Lucas ad ottenere un appuntamento con la ragazza dei suoi sogni, Hanna decide di continuare ad aiutarlo nei preparativi, ma quando Caleb si ritrova nel mezzo della situazione, le cose inizieranno a prendere uno strano corso; Emily deve affrontare le conseguenze delle sue bugie e lo farà con l'aiuto di Samara; Spencer si rivolgerà a Wren per un aiuto; Aria incontrerà Jason e le torneranno in mente diversi ricordi.

Quando le nuove, sconvolgenti notizie su Ian fanno il giro di Rosewood, le quattro ragazze e le loro famiglie dovranno trovare un modo per affrontare la situazione. Spencer riceverà dell'inaspettato supporto dai suoi genitori; Emily sembra essere incapace di affrontare i recenti avvenimenti; Aria cerca conforto in Ezra; Hanna avrà modo di scoprire qualcosa di nuovo sulla vita di Caleb, quando la madre adottiva del ragazzo si ripresenta.

Alla vigilia della sfilata di beneficenza di Rosewood, Aria, Hanna, Emily e Spencer vengono sorpresa dall'arrivo in città di Jessica DiLaurentis, che chiederà loro di partecipare all'evento per conto di Alison. Aria approfitta dell'opportunità per aiutare Jason con i suoi ricordi; Hanna continua ad avere aspettative nei riguardi del padre; Spencer si ritroverà messa da parte mentre Emily dovrà riconsiderare le sue idee sulle relazioni aperte.

Emily è pronta per il suo trasferimento da Hanna, ma finirà per sentirsi più un'ospite che parte della famiglia. Anche Hanna si sente a disagio, seppur per motivi riguardanti Caleb. Toby fa una scoperta sorprendente che sconvolgerà Spencer. Intanto, Aria si ritrova in una situazione imbarazzante quando Ezra e Jason sono entrambi invitati ad una cena dai Montgomery.

Emily si è dovuta destreggiare tra diversi secreti e bugie e quando il padre arriva per farle una sorpresa prima di un'importante competizione, la pressione finisce per schiacciarla. Spencer ed Aria decidono di cercare altri indizi sulla morte di Alison, mentre Hanna deve affrontare l'idea di perdere entrambi gli uomini presenti nella sua vita.

Da quando Jason è tornato a Rosewood, ci sono stati un sacco di dubbi e preoccupazioni sul suo ritorno. Alcuni non si fidano di lui, mentre altri lo vedono sotto una luce diversa. Questo vale anche per le quattro ragazze. Spencer è decisa a scoprire cosa Jason nasconda mentre Aria sembra non riuscire a togliersi il ragazzo dalla testa per motivi completamente diversi. Intanto, Hanna aiuta Caleb a prendere una decisione importante.

Aria si trova in una posizione scomoda quando Spencer ed Emily la mettono al corrente di quello che hanno trovato nel capanno degli attrezzi di Jason. Intanto, Hanna cerca di fare amicizia con la sua futura sorellastra e con le di lei amiche, ma a causa di un errore di giudizio finirà per peggiorare le cose. Ella decide di chiedere aiuto ad Anne Sullivan per Mike.

Dopo essere stata minacciata più volte da "A", Emily si trova ad un punto di rottura e le sue amiche sanno che c'è bisogno di un'azione drastica per salvarla. Si rivolgeranno all'unica persona di cui si fidano, la dottoressa Sullivan. Dopo aver rivelato tutta la verità, le ragazze si sentiranno meglio, ma con il segreto ora alla luce del giorno, saranno davvero al sicuro?

Aria, Emily, Hannda e Spencer hanno commesso un errore quando hanno deciso di rivelare alla dottoressa Sullivan di "A". "A" deciderà allora di vendicarsi. Intanto, Aria deve affrontare il fantasma di Jackie nella vita di Ezra; Spencer il rapporto con suo padre ed Emily il ritorno di Maya. Hanna riceverà una visita.

Durante un lungo flashback, vediamo le ragazze durante l'ultimo Halloween passato con Alison. Aria scopre il segreto del padre; Hanna sta ancora affrontando i problemi con il cibo mentre sua madre fa la conoscenza dell'agente Wilden; Emily è ancora fidanzata con Ben e Spencer cerca di essere la figlia perfetta. Alison incontra Jenna.

Un mese dopo l'arresto, le cose sono ulteriormente cambiate per Aria, Emily, Hanna e Spencer. Le ragazze sono adesso ai ferri corti e sembrano aver dimenticato d'essere migliori amiche. Emily è stata completamente messa da parte e questo la rende ancora più vulnerabile verso "A". Intanto, Aria ed Ezra prendono un'importante decisione.

Dopo lo sconvolgente incontro con "A", le quattro ragazze si rendono conto di essere vicine a scoprirne l'identità. Decidono di chiedere aiuto a Caleb, ed Hanna si tira indietro. Ma quando capiscono che "A" non sta agendo da solo, anche Hanna sa che non c'è altra scelta. Intanto, Aria ed Ezra devono affrontare le conseguenze della verità.

Con la sparizione di Lucas ed innumerevoli domande riguardo quanto successo al lago, Hanna si sente in trappola. Caleb è determinato a trovare il suo amico, ma Hanna è riluttante ad aiutarlo. Intanto, Spencer segue una traccia di "A" che la porta in un luogo inaspettato. Emily e Maya cercano di riconnettere.

Aria, Emily, Hanna e Spencer continuano a sacrificarsi per proteggere le persone che amano. Toby cerca di scoprire cosa Spencer gli sta nascondendo; Hanna prega le amiche di lasciare Caleb al di fuori della loro situazione. Intanto, Aria si dispera per la mancanza di Ezra.

Hanna ha bisogno delle sue amiche, ma queste sembrano essersi allontanate da lei. Dopo la decisione di Hanna di tenere Caleb al di fuori della situazione, Aria, Emily e Spencer si ritrovano a dover cercare una diversa soluzione. Intanto, Emily spera che una visita da parte della madre le offra l'opportunità di ripresentarle Maya.

Il "Giorno della Verità" al liceo di Rosewood è un'occasione per Aria, Emily, Hanna e Spencer di ricevere finalmente delle risposte. Spencer cerca di scoprire la verità su cosa sta succendendo tra suo padre e Jason; Aria continua ad indagare su Holden; Hanna vuole capire qual è la situazione con Kate. Intanto, Emily riceve un aiuto inaspettato.

Il coinvolgimento di Caleb nel cercare di scoprire chi sia "A", ha preoccupato Hanna fin dall'inizio, ma adesso che "A" è deciso a punirlo, la situazione diventa seria. Caleb viene interrogato dal detective Wilden e daGarrett per via di accuse fasulle riguardo un presunto lavoro di hacking. Hanna, Aria, Emily e Spencer riceveranno un altro esempio di cosa sia capace "A".

Aria, Emily, Hanna e Spencer sono state nel mirino di "A" abbastanza a lungo da allontanarle dalle loro famiglie ed amici. Ma quando una nuova vittima di "A" viene allo scoperto, il loro gruppo è pronto ad allargarsi. Intanto, Spencer fugge dai problemi familiari nelle braccia di Wren, mentre l'opportunità fornita ad Ezra potrebbe allontanarlo per sempre da Aria.

Il ballo Padre-Figlia di Rosewood porta a galla alcune tensioni tra le ragazze ed i rispettivi genitori. Un padre ha la coscienza sporca; un altro non ha più fiducia nella figlia; un terzo nasconde un segreto ed un ultimo è disperso in azione. Intanto, Ashley è ancora alla ricerca di risposte su quanto stia succedendo ad Hanna e riceverà aiuto che non si aspettava.

Le quattro ragazze sono ancora alla ricerca di risposte riguardanti ciò di cui era a conoscenza Alison prima di morire, quando qualcuno del suo passato appare. Duncan potrebbe avere in mano tutte le informazioni necessarie, ma Aria, Emily, Hanna e Spencer non sanno se potersi fidare o meno. Intanto, il ritorno di Toby a Rosewood si rivela pericoloso.

La ricerca di nuovi indizi condurrà Aria, Emily, Hanna e Spencer ad un ospedale per bambole, dove troveranno alcune che sembrano loro piuttosto familiari ed un bambino che potrebbe sapere più di quanto dia a vedere. Intanto, l'intervento di Jenna le dà la possibilità di guadagnare qualcosa oltre la vista.