Dopo l'esplosione a casa di Jane, la lista dei sospettati diminuisce ancora di più, sopratutto quando due di questi, Bertram e Smith, scappano e si danno alla macchia. Nel frattempo, l'FBI prende in carico il caso di Red John e sospende definitivamente ogni indagine del CBI, mentre Patrick si rende conto di non potersi fidare di nessuno.