Adesso che è a conoscenza dei sette sospettati di Patrick, Lisbon è diventata un potenziale obiettivo di Red John, così come tutto il resto del team nel caso ne venissero a conoscenza. Le indagini di Jane, però, vengono messe temporaneamente da parte quando Bertram, uno dei sette, li spedisce il più lontano possibile ad indagare sul ritrovamento di uno scheletro.

Mentre Lisbon si sveglia in ospedale non ricordando di come ci sia finita, la sua squadra indaga sulla morte di un ingegnere ucciso da un attacco di un drone. Nel frattempo, la permanenza di Teresa in ospedale porta Jane ad un indizio importante che potrebbe fare avanzare le indagini su Red John, indizio che riguarda il suo passato e la sua ex psichiatra.

Il giorno prima di un matrimonio, lo zio della sposa viene trovato morto in un laghetto e nonostante il caso sia di competenza delle autorità di Napa Valley, Jane e Libson si recano sulla scena del crimine per non farsi sfuggire l'occasione di indagare sullo sceriffo McAllister. Nel frattempo, una nuova regola del CBI toglie il divieto di relazioni all'interno dell'ufficio e Van Pelt cerca di far capire a Rigsby di desiderare un matrimonio.

Una vecchia conoscenza di Jane viene trovata uccisa e l'agente dell'FBI Reede Smith convoca il mentalista per fargli sapere di essere uno dei sospettati. Patrick confessa a Lisbon di aver creato una falsa lista di sospetti per il caso di Red John e che la vittima era uno di quelli: chiunque abbia in mano quell'informazione sta cercando di farli fuori uno ad uno.

Un membro di Visualize - l'organizzazione di Brett Stiles - viene trovato ucciso in circostanze sospette ed il coinvolgimento di Ray Haffner - uno dei sospettati - nelle indagini dà speranza a Jane di poter scavare ancora di più nel mistero che avvolge Red John.

Patrick pensa di essere in vantaggio su Red John adesso che sa del tatuaggio sulla spalla sinistra e decide quindi di riunire tutti i sospettati della sua lista rimasti per poter indagare in prima persona, per scoprire finalmente chi ha ucciso sua moglie e sua figlia.

Dopo l'esplosione a casa di Jane, la lista dei sospettati diminuisce ancora di più, sopratutto quando due di questi, Bertram e Smith, scappano e si danno alla macchia. Nel frattempo, l'FBI prende in carico il caso di Red John e sospende definitivamente ogni indagine del CBI, mentre Patrick si rende conto di non potersi fidare di nessuno.

Dennis Abbott sospende il CBI e accusa i componenti di essere dei complici di Gale Bertram, ormai datosi alla fuga e sospettato di essere Red John. Quest'ultimo, contatta Jane per un incontro e per porre fine ad un gioco che va avanti fin da troppo tempo. Il luogo designato? Il cimitero in cui la figlia e la moglie del mentalista sono seppellite.

Due anni sono passati dagli ultimi eventi che hanno coinvolto Red John e Patrick: quest'ultimo adesso si trova in Sud America ma la quiete viene disturbata quando Abbott lo trova e gli propone un'offerta. Nel frattempo, Lisbon è stata degradata a semplice capitano di polizia, mentre Van Pelt e Rigsby si sono messi alle spalle la vita al CBI.

Visto che l'FBI rifiuta tutte le richieste di Jane, quest'ultimo si trova rinchiuso in attesa di giudizio. L'unico modo per smuoverlo è convocare Lisbon alla sede dell'agenzia e cogliere il pretesto per indagare su un apparente rapimento avvenuto a New York. Nel frattempo, Jane escogita un piano per poter ricattare Abbott e fare in modo che incontri le sue esigenze.

L'FBI si occupa dell'uccisione di alcuni agenti della DEA ma nel frattempo Jane come al solito continua la sua linea di indagini a riguardo senza coinvolgere i colleghi, iniziando una relazione con una donna - Krystal Markham - che potrebbe sapere più di quello che ha fatto credere alle autorità.

Un cartografo, dipendente di una società al servizio del Pentagono, muore per arresto cardiaco dopo aver fatto irruzione nei suoi uffici in stato confusionario ed in cerca di aiuto. Nel frattempo, Ardiles chiede di incontrare Lisbon per confessarle i suoi timori sull'essere seguito e spiato, e la neo agente dell'FBI gli consiglia di chiedere aiuto a Rigsby e Van Pelt.

Il cadavere di un'avvocatessa federale, Edith Firlock, viene ritrovato in Messico, senza nessun indizio o documento che confermi il suo passaggio alla dogana. Per capire come sia deceduta, Jane si infiltra in una comune di contadini situata proprio sul confine tra i due stati. Intanto Van Pelt e Rigsby chiedono aiuto a LaRoche nel tentativo di scoprire chi sta spiando il team.

Quando un intruso fa irruzione nella loro casa e cerca di ucciderli, Rigsby e Van Pelt si recano ad Austin come consiglieri per aiutare Lisbon nel caso che li vede coinvolti. Nel frattempo Jane e Fischer indagano sul ritrovamento di un cadavere in un luogo adibito a trivellazioni da parte di una compagnia fortemente criticata da un gruppo di anonimi e violenti attivisti.

Richard Haibach, il principale sospettato per il rapimento di Van Pelt, si presenta negli uffici dell'FBI per fornire un alibi di ferro ed accusare l'agenzia di accanimento nei suoi confronti. Senza indizi su cui appoggiarsi, Jane deve contare sulle sue abilità per ritrovare l'ex collega e la persona responsabile delle minacce ai componenti dell'ex squadra di Lisbon.

Per catturare una banda di ladri di opere d'arte che ha ucciso il curatore di una galleria durante una rapina, Jane organizza una complicata indagine sotto copertura in cui tutti i membri del team di Abbot cercano di attirare i colpevoli.

Jane e la squadra FBI di Abbot si occupano del caso di un carcerato, il quale ha due giorni per provare la sua innocenza, prima che la condanna a morte che lo aspetta venga portata a termine.

Una donna viene trovata uccisa in una zona completamente isolata, se non per la presenza di un club esclusivo per soli uomini nelle vicinanze, in cui Jane pensa si trovi l'assassino. Nel frattempo, Lisbon continua la sua relazione con l'agente FBI Marcus Pike, nonostante un'offerta di lavoro a Washington minacci il loro rapporto.

Mentre Lisbon è tentata di accettare l'offerta di Marcus e trasferirsi insieme a lui a Washington D.C., un incontro fortuito con un tipo sospetto porta Jane e la squadra dell'FBI a smascherare una vasta associazione criminale che si occupa di traffico di umani.

La libertà di Jane è a rischio quando Fisher e Lisbon vengono chiamate a presentarsi ad un'udienza per stabilire se il collega debba essere o meno accustao - e processato - per l'omicidio di Red John. Nel frattempo, Cho e Abbott seguono nuovi indizi sul traffico di ragazze recentemente scoperto e su cosa significhi la misteriosa frase pronunciata da una di loro: "arco e frecce."

Mentre la squadra cerca di evitare che le indagini sul traffico di organi diventi di livello internazionale prevenendo che un carico parti per il Sud America, Jane e Lisbon hanno un sospettato sui cui far ricadere le accuse, Michael Ridley. Nel frattempo, Teresa deve decidere una volta per tutte se partire con Pike per Washington, dove già l'attende un nuovo lavoro.