Mentre Jane e Lisbon decidono di mantenere il segreto sulla loro relazione con i colleghi, Abbott convoca il team quando un agente FBI sotto copertura viene ucciso a sangue freddo. Nel frattempo, la giovane recluta Michelle Vega si unisce al gruppo, riempiendo il posto lasciato da Fisher.

Lisbon è costretta a fingersi una carcerata quando una prigioniera si rifiuta di collaborare e rivelare la posizione del suo ragazzo e della loro banda di ladri. Quando quest'ultima però fa fatica a confidarsi con la nuova arrivata, ed il team di Abbott è costretto a misure estreme: un'evasione pianificata.

Un nuovo caso porta Jane e Lisbon a Beirut, dove sono costretti a collaborare con una loro vecchia conoscenza, Erica Flynn, disposta ad aiutare l'FBI a catturare il suo nuovo compagno - un corriere al soldo di un'organizzazione terroristica - in cambio però di una completa grazie per i suoi crimini passati.

Cho e Lisbon si fingono fidanzati per poter acquistare un anello con un diamante in una specifica gioielleria sospettata di vendere oggetti falsificati. Nel frattempo, Cho non è contento del fatto che Vega gli dia motivo di dubitare della sua professionalità, mentre il passato di Abbott potrebbe mettere a rischio la carriera della moglie.

Un incontro fortuito con un Colonnello dell'esercito porta Jane a sospettare che l'uomo abbia ucciso la moglie, un caso già chiuso e per il quale un altro colpevole è stato arrestato. Nel frattempo Jane continua a riportare a galla la possibilità di lasciare l'FBI e di fuggire insieme a Lisbon.

Un raid della DEA non va come previsto, e quando l'FBI viene chiamata a consultare sul caso Abbott si trova faccia a faccia con il suo ex boss, Peterson, che minaccia di rovinare la sua carriera e quella della moglie nel caso in cui il passo falso del suo team non venga tenuto nascosto. Nel frattempo è il compleanno di Jane e strong>Teresa ha in serbo per lui una sorpresa direttamente dal CBI.

Teresa viene informata che un mandato di arresto sta per essere diffuso nei confronti del fratello, Jimmy, considerato un testimone chiave nella morte del figlio di un giudice, avvenuta una settimana prima. Lisbon è costretta a tornare a casa a Chicago e a mettersi in contatto con l'altro fratello, Stan, il quale confessa che Jimmy è di nuovo vittima del gioco d'azzardo e che i debiti potrebbero essere la causa del suo problema.

Un testimone del brutale omicidio commesso da Kelvin Bittaker viene ucciso da un esperto assassino, e Lily Stoppard -l'unica a poterlo incriminare- viene messa sotto la custodia del team dell'FBI il quale, con l'aiuto dell'agente Spackman, spera possa accusare Bittacker. Nel frattempo Jane cerca di proteggere Lisbon sviando le sue indagini.

Con l'ausilio di prove schiaccianti, Bill Peterson cerca di incastrare Abbott del crimine commesso a Rio Bravo e allo stesso tempo spera di sabotare la carriera della moglie, Lena. Jane —a conoscenza del suo piano— tenta a sua volta di smascherare Peterson per appropriazione indebita con l'aiuto di Wylie, Libson e Cho.

Jane sospetta di un impiegato di banca quando tre uomini rapinano un auto blindata, ma nel vivo delle indagini la squadra di Abbott viene colpita da un lutto e l'evento costringe Patrick a rivalutare la sua relazione con Lisbon.

Ancora colpiti dall'improvvisa morte di Vega e dall'abbandono di Jane, Cho, Lisbon ed Abbott si occupano del brutale omicidio di due apparentemente innocenti ed incensurati studenti, vittime di un incidente stradale colposo. Durante le indagini si fa avanti un giovane ragazzo, Gabriel, un sensitivo il quale fa insospettire Theresa quando offre delle informazioni sull'accaduto.

Nonostante l'indecisione sul suo futuro lavorativo, Jane acconsente al vecchio e pericoloso trucco in cui pretende di essere un rinomato sensitivo per fare da esca ad un serial killer in modo che l'FBI possa catturarlo. Nel frattempo, nonostante l'assassino non abbia un modus operandi specifico, Wiley e Cho indagano sull'unico indizio possibile.