Dodici settimane prima di una violenta colluttazione tra Jack e Hannibal, quest'ultimo è ancora il principale sospettato di Will, che si trova in carcere accusato di brutali omicidi ma incapace di fornire prove che dimostrino la sua innocenza. Nel frattempo, un misterioso individuo rapisce uomini e donne di varie etnie per formare una personale palette di colori.

Il caso del serial killer alla ricerca di una pallette di colori perfetta diventa ancora più chiaro quando l'ultima vittima viene ritrovata dopo un fallito tentativo di fuga. Intanto Bedelia rivela ad Hannibal di considerarlo un uomo pericoloso e si ritira da qualsiasi contatto sociale, non prima però di aver confessato a Will di credere nella sua innocenza.

Inizia il processo che potrebbe portare Will alla pena di morte, e durante la sua deposizione Jack confessa un particolare che potrebbe metterlo nei guai con l'FBI e che sopratutto getta una nuova luce sull'accusato. A peggiorare la situazione creando ancora più confusione, il cadavere di un ufficiale giudiziario viene trovato in una scena del crimine con un modus operandi particolare.

Mentre il team di Crawford si occupa di un cadavere di un uomo ritrovato in un campo, lobotomizzato e convertito in un alveare, Katz continua ad indagare per conto di Will cercando di confermare il coinvolgimento di Hannibal. Intanto la moglie di Jack - Bella, malata terminale di cancro - discute con Lecter su cosa la morte rappresenta.

Jack acconsente alla richiesta di Will e lo porta sul luogo del ritrovamento del corpo di Beverly, letteralmente fatto a fette da Hannibal. Nel frattempo l'ex agente FBI cerca di capire chi sia il suo "ammiratore", colui che ha ucciso la guardia ed il giudice nel tentativo di scagionarlo, e quando capisce chi sia il vero colpevole è pronto ad affidargli un compito.

Mentre viene ritrovato un cadavere - avvolto attorno ad un albero e mancante alcuni organi - che ricorda il modus operandi dello squartatore di Chesapeake, Jack decide di dare una possibilità a Will: durante una cena su invito organizzata da Hannibal, l'agente FBI colleziona campioni di cibo per farli analizzare. Nel frattempo, Gideon potrebbe fornire particolari che porterebbero all'innocenza di Graham.

Con le prove che dimostrano la sua innocenza, Will viene ufficialmente scagionato e chiede a Chilton - secondo lui il prossimo sulla lista dello squartatore di Chesapeake - di rinunciare alla sua carriera ma al tempo stesso confermare la colpevolezza di Hannibal, confessando la manipolazione di Graham. Nel frattempo, Miriam Lass non ricorda niente della sua prigionia.

Dopo l'ingiusta prigionia, il primo caso affrontato da Will riguarda la macabra scoperta di un cadavere cucito all'interno di un cavallo deceduto. Nel frattempo, nonostante abbia ricominciato la terapia con Hannibal, Alana si preoccupa delle vere intenzioni dell'ex agente FBI e teme che possa cercare di uccidere di nuovo il suo psicologo.

L'FBI viene consultata quando un cadavere di un autista di tir viene ritrovato mutilato e letteralmente strappato a morsi da due specie diverse di animali, un orso e un lupo, che però stranamente non hanno consumato la preda. Nel frattempo, la nuova paziente di Hannibal, Margo Verger, riconosce Will all'uscita dello studio del dottore e i due confrontano i diversi approcci di Lecter.

Con il cadavere di Tier nel salotto di Hannibal, Will si ritrova successivamente ad indagare il suo stesso omicidio e a scoprire un lato fin troppo simile al suo psicologo. Nel frattempo, Freddie cerca di convincere Alana della vera natura del suo nuovo compagno, mentre Margot continua ad essere costretta a vivere con l'abusivo e pericoloso fratello Mason.

Mentre Margot trova un appiglio nel testamento del padre che potrebbe farle avere l'eredità dei Verger, vendicandosi così sul perverso fratello Mason, il corpo carbonizzato di Freddie Lounds viene ritrovato ed i sospetti di Alana sulla colpevolezza di Will si fanno sempre più consistenti.

Jack è sempre più impaziente nella sua bramosia di catturare Hannibal e nell'assenza di prove che lo incastrino, e per velocizzare il lento progresso l'agente FBI decide di giocarsi la carta di un testimone a sorpresa. Nel frattempo, Will è a conoscenza del fatto che Lecter stia cercando di convincerlo ad uccidere Mason, che a sua volta sta tramando alle loro spalle.