Avendo un killer familiare nei paraggi, Slocum è obbligato a chiedere aiuto ad una improbabile fonte. Lo staff dell'obitorio ancora una volta cercherà di essere d'aiuto nel fermare il killer.

Quando un paio di corpi arrivano nella sala dell'obitorio un indizio porta i nostri medici in quel di Las Vegas. La location è galeotta, e per due coppie le cose iniziano a riscaldarsi e a farsi molto interessanti. Episodio cross-over con la serie Las Vegas.

La sfida che il dottor Macy ha lanciato a Jordan finisce per metterla in pericolo. Tre ragazzi scompaiono. Sulle loro tracce si mettono Woody e il dottor Macy. Jordan li aiuta nonostante abbia l'influenza e rimane intrappolata in uno scavo.

Jordan lavora per denunciare le pessime condizioni del sistema delle cure mediche all'interno delle prigioni quando un detenuto viene ritrovato morto. Intanto nel tribunale locale Lily si ritrova in una situazione delicata, sospesa tra la vita e la morte.

A seguito dell'assassinio di un ragazzino e di sua madre, Jordan s'infiltra in alcuni ambienti sotto copertura per scoprirne il killer. Nel frattempo, Lily e Bug prendono una decisione difficile sul trasferimento di certi fluidi corporei.

Woody pensa che il lavoro più grande sia ormai fatto quando un sospettato confessa. Il problema però è che questi non ricorda di aver compiuto il delitto. Con l'aiuto del nuovo psicologo Woody imparerà che non tutto è ciò che sembra.

Un assassino seriale inizia a terrorizzare Boston. Woody e Jordan sono incaricati di risolvere il caso. Una volta catturata, i due sottopongono la sospettata ad un interrogatorio. Jordan però accusa un certo imbarazzo quando la presunta killer con lei inizia ad andare sul personale.

Per la città si aggira un poliziotto killer. Woody è sommerso dai ricordi, ma spetta a lui trovare il killer, a tutti i costi. Nel frattempo Nigel inizia ad interessarsi agli alieni.

Woody e il dottor Macy cercano di scovare un killer della malavita avendo in mano solo pochissime tracce da seguire. Jordan intanto viene chiamata sulla scena di un incidente dove però il corpo risulta introvabile. Questo nuovo caso porterà delle risposte anche per un vecchio caso.

Jordan e Woody sono chiamati sulla scena di un crimine avvenuto in un Bed&Breakfast. Qui ognuno è un killer potenziale, tutti sono sospettati. Quando le strade fuori si ricoprono di neve, le cose tra Jordan e Woody invece iniziano a riscaldarsi.

Il posto del dottor Macy diventa a rischio quando viene trovato alla guida in stato di ebbrezza proprio la notte prima del giorno in cui deve testimoniare in un caso molto delicato. Jordan e Woody intanto si chiedono se la loro relazione si evolverà in qualcosa di più importante.

Jordan e Woody investigano sulla morte di due soldati. Uno ucciso in Iraq, l'altro a Boston. Il dottor Macy si confronta con sua figlia sulla questione della scelta dei ragazzi e su di una possibile dipendenza dalle droghe. Jordan intanto scopre un mistero tenuto segreto da J.D..

Macy rimane sconvolto quando scopre che il corpo della vittima di uno scontro a fuoco tra gang è il ragazzo di sua figlia. Quando nel luogo del delitto viene ritrovata una pistola con delle impronte sopra l'intero team si mette alla ricerca della ragazza scomparsa.

A Boston scoppia una bomba su un treno lasciando dietro di sé una scia di morti e feriti. Molte delle vittime sono bambini in età scolare. Quel che è peggio è che in giro c'è un'altra bomba e la squadra deve lottare contro il tempo per trovarla prima che esploda.

Alcuni vigili del fuoco perdono la vita nel tentativo di domare l'incendio di un bosco. Investigando, il team scopre che nella catena di comando ci potrebbero essere delle responsabilità da attribuire a queste morti. Nel frattempo Macy prova a mandare sua figlia in un centro per la riabilitazione.

Un padre è assassinato e sua figlia diventa l'obiettivo di un killer. Tutto ciò riporta alla memoria di Jordan alcuni vecchi ricordi. Intanto una famiglia rende la vita difficile al dottor Macy quando il loro figlio viene ucciso in un tragico incidente.

Woody e Lu lavorano insieme per scovare il killer di una giovane ragazza. La ricerca si dimostra più complessa del previsto poiché il killer è probabilmente un malato mentale che si trova in un centro per la riabilitazione. Jordan prende in carico l'affidamento di Kayla mentre lo stato prova a trovarle una famiglia e una casa.

Un giocatore di baseball professionista è accusato di stupro. Nigel si occupa di ritrovare la famiglia di un pilota di aereo militare che è stato rinvenuto congelato. Jordan si dimostra gelosa della relazione che intercorre tra Woody e Lu.

Woody e Jordan lavorano sul caso della morte un uomo che dispensava miracoli. Lily si preoccupa della sua relazione con Jeffrey. Bug investigata sulla morte di un lavatore di vetri con le vertigini.

Il dottor Macy fa una scoperta sensazionale mentre tenta di restituire alcuni effetti personali. Jordan e Lu si scontrano nello sgabuzzino dell'obitorio. Lily invece si prepara per il matrimonio.