Il team CDC è ancora ossessionato dagli eventi di Narvik e quelli che hanno avuto luogo all'Arctic Biosystems. Tuttavia, ciò non li scoraggia dalle loro indagini sui virus: il loro ultimo caso li porta ben presto a una misteriosa isola abitata da un culto molto particolare.

Peter e Jordan lasciano la sicurezza di Abbey per recuperare alcuni esemplari e scoprire che cosa sta succedendonei boschi, nel frattempo Sister Amy trama per farli lasciare per sempre.

Michael blocca Peter e Alan in una fossa. Alan fugge e scopre che Kyle ha un segreto. Agnes rivela una verità sconcertante a Michael. Nel futuro, Caleb scopre l'inganno di Walker e prende in mano la situazione.

Dopo la morte di Agnes, Amy crea un focolaio della malattia, mentre Michael tormenta Peter. Una rivolta presso l'Abbazia minaccia la sicurezza dei non infetti. Nel frattempo, oggi a Parigi, Walker convoca Balleseros ed è guidato ad incontrare un immortale che potrebbe essere la chiave per la sua missione.

Mentre il team CDC annaspa sul caso del suicidio di massa di Michael, la Guardia Costiera arriva con la notizia di una nuova epidemia. Nel frattempo Amy prende il controllo dell'Abbazia, bloccando Michael. Jordan, convinta che il suo bambino sia ancora vivo, rivela la verità degli immortali a Kyle in cambio del suo aiuto.