Nella nuova veste di cacciatore di taglie, Gordon si muove all'interno di una Gotham infestata da mostri alla ricerca di risposte sugli evasi di Indian Hill, e sul perché sembrino morire a causa dei loro poteri. Nel frattempo, Barbara e Tabitha aprono un locale notturno chiamato The Sirens, mentre il doppione di Bruce vaga per le strade della città.

Alla disperata ricerca di una cura, Mooney decide di rapire Bullock e costringerlo a rivelare la posizione di Strange, l'unico che potrebbe aiutarla. Nel frattempo la popolarità di Copplepot cresce dopo aver criticato pubblicamente il lavoro del GCPD, Ivy si scopre trasformata e Bruce si ritrova costretto ad un compromesso con la Corte dei Gufi.

L'ipnotista Jervis Tetch arriva a Gotham in cerca della sorella Alice, ma non perde l'occasione di usare i suoi poteri persuasivi per ottenere ciò che desidera. Nel frattempo Cobblepot decide di candidarsi per il ruolo di sindaco, mentre Alfred e Bruce accolgono il doppelganger di quest'ultimo.

Mentre Selina scopre la vera identità del doppelganger di Bruce, Jervis Tetch si prepare al suo prossimo colpo ipnotizzando un gruppo di wrestler conosciuti com i Tweedle Brothers, i quali lo aiuteranno a rapire Alice. Nel frattempo Nygma scopre che Butch sta cercando di comprare l'elezione per far diventare Cobblepot sindaco di Gotham,

Mentre Tetch si prepara ad un ricevimento, il mandato di Cobblepot prende subito una brutta piega quando una nuova Red Hood Gang decide di sfidarlo pubblicamente. Nel frattempo Barnes continua a tenere nascosto di essere stato a contatto con il sangue infetto di Ailce, mentre Bruce segue il consiglio di Gordon e confessa a Selina i suoi sentimenti.

Tetch decide di torturare Gordon mettendolo davanti a delle decisioni impossibili, prima costringendolo a scegliere tra salvare una coppia di sposati od un bambino che sta per essere investito da un autista ipnotizzato, e successivamente rivelando di aver rapito sia Valerie che Lee. Nel frattempo Cobblepot si accorge di essere innamorato di Nygma, ma quest'ultimo incontra Isabella, una donna che gli ricorda Kristen Kringle.

Gordon fa visita a Valerie, ancora in ospedale, ma si ritrova faccia a faccia con Tetch e a contatto con un potente allucinogeno chiamato Red Queen: le allucinazioni lo riportano al GCPD, sposato con Lee e con due figli. Mario trova l'ex detective privo di sensi, ed una volta rianimato quest'ultimo decide di fare richiesta per unirsi di nuovo alla forze dell'ordine.

Mentre Barnes comincia a sentire gli effetti dell'infezione e inizia la discesa verso la pazzia, Nygma teme di aver fatto il passo più lungo della gamba nella sua nuova relazione con Isabella. Nel frattempo Falcone organizza una festa di fidanzamento per il figlio Mario e Lee.

Gordon e Bullock cominciano a sospettare di Barnes mentre indagano di un omicidio avvenuto durante la festa di fidanzamento di Mario Falcone e Lee. Nel frattempo Nygma si rivolge a Cobblepot con le sue preoccupazioni su Isabella, mentre Ivy mette nei guai Selina e Bruce quando rivela loro la sua identità.

Una minaccia aleggia sulle teste di Lee e Mario alla vigilia del loro matrimonio, e Falcone decide di far intervenire Gordon. Nel frattempo Nygma pianifica la sua vendetta, mentre Bruce scopre di più sulla Corte dei Gufi.

Infetto dal sangue di Alice Tetch, Mario cerca di creare tensioni tra Lee e Gordon facendo credere alla futura moglie che il detective sia intenzionato a sabotare il loro matrimonio. Nel frattempo Barbara informa Nygma su come Cobblepot abbia tradito la sua amicizia in nome di un amore non corrisposto, mentre Bruce, Selina ed Alfred usano la chiave per aprire la volta della Corte dei Gufi.

All'indomani della morte di Mario, un Falcone in cerca di vendetta ordina a Zsasz di uccidere Gordon, e l'intervento di Lee si rivelerà decisivo. Tormentato dalle visioni del padre, Cobblepot è ancora ignaro di essere vittima delle macchinazioni di Nygma, mentre Gordon e Bullock si ritrovano sulle tracce di Dwight Pollard, un ex dipendente di Indian Hill che si prepara alla resurrezione di un altro cadavere.

In fuga da Gordon e Bullock, Dwight cerca di rianimare il cadavere di Jerome, e nel farlo attiva i suoi seguaci per tutta Gotham City. Nel frattempo le intenzioni della madre di Selina vengono rivelate, ed il gioco di potere tra Cobblepot e Nygma si intensifica mentre i piani di Barbara vengono messi a punto.