L'analista CIA Charleston Tucker non riesce ancora a ricordare ciò che realmente accadde un anno fa, quando il suo convoglio diplomatico era stato attaccato a Kabul. Ora Charlie si ritrova davanti a una scelta: arrestare il terrorista responsabile dell'attacco o restare in attesa per tentare di distruggere l'intera cellula terroristica per cui lavora.

Charleston e la squadra sono in competizione con i russi per un sottomarino russo incagliato con segreti americani rubati - il loro unico vantaggio è che hanno un uomo della CIA a bordo. Nel frattempo, il presidente Payton nomina il nuovo direttore della CIA, il formidabile Ray Navarro.

Charlie ha un flashback del suo arrivo a Midnight City dove incontrò Nick e testimoniò al suo brutale interrogatorio su Fatah. Quando i membri del movimento islamico Boko Haram rapiscono 21 ragazze nigeriane, il presidente Payton incarica Charlie con il logisticamente impossibile: trovare e salvare le ragazze, senza far sapere alla Nigeria che gli Stati Uniti sono coinvolti.

Charlie e Nick ricevono entrambi un testo minaccioso che porta Nick su una pista per trovare la fonte una volta per tutte. Charlie ripensa ai suoi primi rapporti con Fatah a Midnight City.

Il Presidente Payton ha un sacco di domande per Nick Vera. Purtroppo, sembra essere svanito. Quando Charlie lo cerca, lei ripensa alle ore prima e durante l'attacco.

Charlie e Maureen accompagnano il Presidente Payton in Qatar per un viaggio diplomatico. Ciò che inizia come una missione standard della diplomazia diventa un disastro quando un cittadino del Qatar si infiltra nell'ambasciata americana dichiarando di essere della CIA.

Uno studente di college che dichiara di essere un är rissãlah operativo entra nella Casa Bianca. Charlie, ora in Yemen, cerca disperatamente di parlare con il suo contatto, mentre cerca di eludere la polizia segreta yemenita. Nel frattempo, il rapitore mascherato di Nick lo lascia andare solo alla sua prossima missione.

Dopo che le forze rivoluzionarie della Colombia prelevano Jack Dawkins da una prigione panamense e lo tengono prigioniero per il riscatto, la squadra deve individuare la sua posizione e liberarlo il prima possibile. Costanza e Marshall discutono ferocemente se utilizzare o meno il potenziale salvataggio di Dawkins come una vittoria politica contro Kyle Green.

Charlie e il team PPB fanno a gara per dimostrare che Stacy Dover è un membro attivo della cellula terroristica americana di Ar Rissalah. Charlie è costretta a confrontarsi con il fatto che uno dei suoi più stretti alleati può averla tradita.

Charlie e la squadra PPB devono trovare le bombe mancanti dell'Ar Rissalah 7 prima di altri membri della cellula terroristica. Nella loro caccia, Charlie deve chiedere l'aiuto di un ex rivale, il professor Ahmad Ahmadi.

Charlie e Lucas si uniscono alla caccia dell'uomo FBI (un terrorista di Ar Rissalah sfuggito al controllo, ora nei boschi del West Virginia). Nel frattempo, il presidente Payton fa un patto con i mezzi di informazione per proteggere un'operazione segreta della CIA, a costo di esporre i propri segreti sulla televisione nazionale.

Charleston e la squadra ingaggiano una corsa contro i russi per il controllo di un sottomarino russo incagliato con all'interno dei documenti segreti americani rubati. Il loro unico vantaggio è che hanno un uomo della CIA a bordo. Nel frattempo, il presidente Payton nomina un nuovo direttore della CIA, il formidabile Ray Navarro.