Dopo aver cercato di trovare un accordo con Sheperd, Molly e JD scoprono di essere ricercati ed accusati di terrorismo. Mentre il generale si prepara all'attacco con l'esercito di Humanics, Molly deve decidere da quale parte schierarsi, mentre JD è costretto ad abbandonarla quando il governo usa la sua famiglia per arrivare a lui.