L'astronave terrestre Deadalus arriva in soccorso della città di Atlantide e riesce a infliggere un duro colpo all'avanzata dei Wraith, che però non tardano a sferrare un nuovo attacco. McKay organizza un piano geniale. Intanto, colpito dagli alieni, il tenente Ford inizia a manifestare un comportamento violento e fugge dalla base.