Dopo l'attacco del Macellaio a Christian, Sean si guarda intorno per individuare un nuovo possibile partner. Nel frattempo è impegnato a rimuovere chirurgicamente una donna pesantissima dal divano sul quale ha vissuto gli ultimi tre anni della sua vita.

Christian e Liz operano un gorilla femmina per rimuovere una cicatrice facciale. Nel frattempo, Matt scopre la verità riguardo ad Ava e scarica tutta la sua rabbia su un transessuale conosciuto in un bar.

Christian e Quentin si ritrovano a dover operare un gruppo di ragazzi, due dei quali hanno la faccia incollata al sedere di un altro. Nel frattempo, Sean, Julia e Christian hanno pareri discordi sull'atteggiamento da avere nei confronti di Matt; Christian infine ha dei problemi nella sua relazione a tre con Kimber e Kit.

Christian e Quentin operano l'ultima vittima del Macellaio, anche se con qualche sospetto. Matt ottiene un ordine restrittivo nei confronti del padre Sean, coinvolgendo anche i servizi sociali. Sean opera una donna anziana che vuole sembrare giovane come una volta per farsi riconoscere dal marito malato di Alzheimer.

Dopo che un'altra donna viene attaccata dal Macellaio, Christian viene accusato di essere il serial killer dalla detective Kit, che sostiene anche di avere molte prove a suo carico. Anche Sean intanto soffre per le accuse rivolte al partner e non sa più a cosa credere.

Di fronte ai problemi (la mancanza di clienti soprattutto) derivanti dalla faccenda del Macellaio, Christian e Sean si vedono costretti ad accettare un lavoro pro-bono, lavorando su una donna assemblata come Frankenstein da un pericoloso necrofilo. Nel frattempo Gina fa una proposta a Julia.

Christian affronta una situazione delicata di fronte ad un uomo che vuole farsi amputare una gamba per ragioni personali. Sean trova un lavoro nell'FBI operando persone in procinto di entrare nel programma di protezione testimoni. Julia, Gina e Liz cercano pubblicità contattando la famosa attrice Joan Rivers.

Dopo aver aiutato una donna e il suo bambino a cambiare identità, Sean li ospita a casa sua per un periodo. Christian opera un bambino affetto da sindrome di Down. Quentin inizia ad interessarsi del business di Julia, e non solo.

Dopo aver saputo la verità su Nicole, Sean non sa più a che pensare. Christian e Quentin si preparano ad un trapianto facciale molto difficile ma che se avesse successo riporterebbe i clienti in clinica. Christian scopre però che Quentin assume cocaina ed è preoccupato che possa succedere qualcosa durante l'intervento.

Matt incontra una ragazza, Ariel, completamente contraria alla chirurgia estetica. Christian e Kimber si preparano per il loro matrimonio, anche se alla donna iniziano a venire dei dubbi. Teme infatti che Christian sia ancora innamorato di Julia. Sean intanto ritorna a lavorare nella clinica.

Christian deve ritornare ad una vita normale dopo esser stato mollato all'altare. Un soldato arriva in clinica chiedendo di coprire le sue ferite di guerra: del suo caso si occupa Quentin. Nel frattempo Sean cerca di dire a Julia che Quentin è attratto dagli uomini.

La madre di Julia le fa una visita ma le due finiscono per litigare. La donna prende il primo volo che però si schianta durante il decollo. Julia e Sean intervengono quindi per aiutare i numerosi feriti e mettersi a disposizione delle squadre di soccorso.

E' arrivato il Natale e la McNamara/Troy ospita dei pazienti a tema, un uomo e una donna che interpretano Babbo Natale e sua moglie. Julia si fa male preparando le decorazioni e va da Sean per controllare se è tutto a posto. Sean scopre però che è incinta. Ariel intanto propone a Matt di fare una bravata a scuola.

Prima parte del finale di stagione. Christian riceve un misterioso pacchetto coperto di sangue, scoprendo che una sua ex è stata rapita dal Macellaio. Kit ritorna sospettando di Quentin e cercando prove per incastrarlo. Un travestito si presenta in clinica e chiede di essere operato gratis perché deve la sua faccia deturpata ad un pestaggio di Matt.