Ryan prende il controllo della Division con Nikita al suo fianco. La loro prima missione consiste nel riportare indietro la "Dirty Thirty", squadra di spie di cui si sono perse le tracce dopo che Percy era stato destituito e ucciso.

Nikita, Michael e il resto della squadra salvano una giovane ragazza che era tenuta prigioniera da un ex agente della Division. Quest'ultimo a quanto pare ha fatto il lavaggio del cervello alla ragazza per farla diventare a sua volta un'agente.

Quando Ryan dice a Nikita che un'agente sotto copertura è stata arrestata e che bisogna tirarla fuori di prigione, Nikita inizia a chiedersi perché la Divisione continua a svolgere le stesse missioni dettate tempo prima da Percy.

Amanda manda un'agente della Division a liberare Owen da una prigione in Russia, ma l'uomo riesce a sfuggire al suo controllo e manda un messaggio a Nikita, dicendole di essere libero e non sapendo che quest'ultima è ora un'agente della Division.

La Division scopre che uno dei suoi ex agenti è diventato il presidente dell'Uzbekistan e ora minaccia di organizzare un attentato contro il Presidente degli Stati Uniti. Nel frattempo, Ryan confessa alla squadra che la Division è in crisi.

Nikita e Michael catturano un contrabbandiere d'armi che sta preparando un ordigno sotto ordine di Ari. Nel frattempo, Birkhoff è sempre a caccia della talpa di Amanda e Alex inizia a spazientirsi.

Birkhoff rivela a Nikita che Sonya è la talpa di Amanda e gli è stato ordinato di tenerla d'occhio. La squadra allora elabora un piano per usare Sonya come esca per far uscire Amanda allo scoperto.

Nikita e Owen si scontrano con una spia chiamata Liam, mentre Michael assume una nuova posizione all'interno della Division. Nel frattempo la relazione tra Michael e Nikita inizia a scricchiolare.

Un uomo rapisce la ragazza di Ryan e quest'ultimo ordina a una squadra di salvarla. Nikita intanto rimane confusa quando Michael decide di mandarla in missione insieme a Owen invece di andare lui stesso.

Michael rinuncia al suo ruolo di agente sul campo e riprende quello di organizzatore delle missioni all'interno della Divisione. Nel frattempo, dopo aver scoperto delle informazioni importanti su Birkhoff, Nikita organizza una missione in territori pericolosi.

Un'agente della CIA torva dei documenti che rivelano il coinvolgimento di Madeline Pierce con la Divisione e consegna il tutto al direttore della CIA. Quando quest'ultimo viene ucciso, Amanda accusa Sean di averlo assassinato.

Dopo che Birkhoff scopre che Ari è a New York, Nikita e Owen si mettono al lavoro per cercare di catturarlo prima che lo faccia l'FBI. Ari, però, rivela di aver pianificato tutto questo solo per poter parlare con Nikita.

Per prendere il controllo della scatola nera, Amanda cerca di rapire il figlio di Ari per usarlo come ostaggio. Nel frattempo, Owen è furioso con Michael dopo che quest'ultimo ordina ad Alex di aiutare Nikita al suo posto.

Amanda tiene in ostaggio Alex, dicendo a Nikita che la libererà solo in cambio di Ari. Michael manda Nikita e Sean a mandare in porto lo scambio di prigionieri, ma Ryan decide di aggiungere Owen alla squadra proprio all'ultimo minuto.

Nikita vorrebbe che la Division accettasse di prendersi carico di una missione che prevede l'assassinio del presidente del Chad mentre è in visita a Parigi. Alex però non vuole partecipare e cerca di annullare l'operazione.