Joe Carroll, ex professore di letteratura inglese e serial killer, evade di prigione nel tentativo di finire quello che ha lasciato in sospeso. Ryan Hardy, ex agente dell'FBI e colui che lo ha incastrato, viene richiamato dall'agenzia come consulente nella cattura di Carroll, e viene affiancato da Mike Weston, giovane agente che considera Hardy un modello da seguire.

Uno dei seguaci riesc ad infiltrarsi in una confraternita di donne ed uccidere per ordine di Carroll. Intanto Emma, Jacob e Paul arrivano nel rifugio che useranno per nascondersi insieme a Joey, luogo in cui conflitti e rancori all'interno del trio vengono alla luce. Nel frattempo Hardy risale alla vecchia casa della ragazza.

La convivenza tra Paul, Jacob e Emma continua a farsi sempre più difficile e complicata, sopratutto quando Paul - stanco di vivere una bugia - decide di uscire rischiando la copertura del gruppo. Intanto Ryan e Parker sono alla ricerca dell'uomo che - con la maschera di Poe - ha dato fuoco a quello che si scoprirà essere uno dei detrattori del libro di Carroll.

L'FBI restringe il cerchio intorno al luogo in cui si trova Joey ma le ricerche sembrano rallentare quando la sorella di Ryan, Jenny, si ritrova in pericolo di vita. Intanto, tramite Paul, Emma viene a conoscenza di un segreto che Jacob le ha tenuto nascosto e la ragazza è determinata nel fargli cambiare rotta.

Jacob non riesce a trovare il coraggio per uccidere e si sente ormai estraniato dall'inusuale trio che si è formato. Intanto Joey comincia a sentire la mancanza della madre e cerca di comunicare con quest'ultima, dando possibilità ad Hardy e Weston di rintracciare la casa in cui si trova. Nel frattempo, Carroll chiede alla sua avvocatessa di tenere un comunicato stampa.

Il cerchio intorno a Emma, Paul e Jacob sta per stringersi, e l'aver catturato Ryan come ostaggio non li aiuta. Intanto Claire viene condotta in un luogo segreto da un uomo incaricato da Joe di seguirla, mentre il passato di Parker viene svelato.

Grazie al suo legale, Olivia, Joe usa un pretesto per chiedere il trasferimento, che viene stranamente garantito e che ovviamente fa crescere i sospetti di Ryan. Intanto Joey ed Emma si nascondono dalla polizia e in attesa di trasferirsi nel luogo dove tutti i discepoli di Carroll sono riuniti.

Joe si sente finalmente a casa insieme a tutti i suoi seguaci ma ancora il figlio Joey non riesce a fidarsi, mentre insieme a Roderick decide chi colpire tra la squadra dell'FBI per sapere dove è tenuta nascosta Claire. Intanto un nuovo arrivato prende il comando delle indagini, Nick Donovan, al quale non va a genio l'intrusione di Hardy.

Jacobsi rifugia in una casa sul lago sperando di poter rimettere in sesto Paul. Intanto, Joe riunisce i suoi discepoli per chiedere loro di pianificare il prossimo capitolo della sua nuova storia e Carroll decide di portare avanti il progetto di una donna del gruppo, Amanda Porter.

Il cerchio si stringe intorno a Claire e i seguaci di Carroll si fanno sempre più vicini, costringendo Ryan a spostare la donna in una nuova località segreta, tenendola lontana anche dall'FBI. Intanto Jacob non riesce a perdonare Emma, mentre Joe tenta di avvicinarsi a suo figlio Joey.

Claire si ricongiunge con Joe che - nonostante il tentativo di metterla a suo agio - le vieta per il momento di vedere il figlio. Intanto, l'ex ragazza di Ryan, Molly, nasconde un segreto sui suoi veri motivi, mentre Hardy e Parker riescono a rintracciare attraverso un'IP un seguace di Carroll che potrebbe dare una svolta alle indagini.

L'FBI trova finalmente una pista da seguire che potrebbe portarli direttamente da Joe, ma il piano non va secondo i calcoli quando l'obiettivo di Ryan e Caroll riconduce alla stessa persona. Intanto Claire cerca di fuggire insieme a Joey e una volta sorpresa mette a rischio la sua permanenza nella casa.

Weston manda all'aria la copertura di Roderick una volta riconosciuta la voce dell'uomo che lo ha assalito e il braccio destro di Carroll fugge portandosi con sé una garanzia. Intanto Joe cerca di mantenere la calma tra i suoi discepoli, i quali temono che la fine sia vicina.

L'ultimo capitolo del libro di Joe si avvicina ma nel frattempo lui e i suoi seguaci sono costretti a lasciare la casa e mettere in atto l'ultima parte del piano. Intanto, con l'aiuto di Emma e Jacob, Carroll - in precarie condizioni di salute - fugge insieme a Claire.