L'agente speciale Ethan Burke si sveglia nell'apparentemente pacifica e ridente cittadina di Wayward Pines dopo un brutale incidente che lo vede coinvolto insieme ad un collega, con il quale si era messo in viaggio per cercare di risolvere la misteriosa sparizione di Kate Hewson, la sua partner. Con l'aiuto di una cameriera, Beverly, scoprirà che le apparenze ingannano e che la città nasconde oscuri segreti.

La vita a Wayward Pines si fa più complicata per Ethan, vittima dei sospetti dello sceriffo Pope ed incapace di contattare il mondo esterno; in suo soccorso arriva Beverly, la quale rivela i piani di fuga andati in fumo quando Evans, l'ex collega di Burke, è stato ucciso. Nel frattempo a Seattle, Hassler continua a tenere Theresa all'oscuro, e quest'ultima comincia a temere che il marito sia scappato con Kate.

Dopo essere stato testimone del diretto coinvolgimento di Kate nella morte di Beverly, Ethan chiede spiegazioni all'ex collega ed è sempre più ostinato nel lasciarsi alle spalle Wayward Pines. Nel frattempo Ben e Theresa continuano la loro ricerca, che li porta dritti verso la misteriosa cittadina.

Dopo il traumatico e misterioso destino riservato al cadavere di Pope, Ethan scopre di avere ottenuto il ruolo ormai vacante di sceriffo di Wayward Pines, mentre Theresa riceve un'offerta di lavoro e Ben viene accolto nella sua nuova scuola dalla preside Megan Fisher.

Ethan si trova ancora nella foresta di Wayward Pines alla ricerca di risposte e di una via di fuga, ritrovandosi improvvisamente faccia a faccia con le misteriose creature che il figlio ha intravisto dopo la morte dello sceriffo Pope. Nel frattempo Ben viene convocato insieme ad altri due nuovi arrivati per una lezione di orientamento con la preside della scuola Megan Fisher.

Grazie a Pilcher, Ethan scopre la storia di Wayward Pines, il perché della sua nascita ed il passato del suo creatore, e si rende conto di quanto sia importante mantenerne il controllo. Nel frattempo Theresa si chiede cosa nasconda nel lotto 33 della cittdina, mentre Kate e Harold mettono in atto in piano per fuggire con l'aiuto del corriere, Ted.

Ethan torna a Wayward Pines dopo aver scoperto cosa si cela dietro le mura della cittadina, ma il suo tentativo di spiegare la situazione alla moglie Theresa non va a buon fine. Nel frattempo Kate continua a tramare per poter evadere, mentre a scuola Megan fa capire ai ragazzi di essere pronti a procreare per dare vita ad una nuova e pura generazione.

Ethan è alla caccia dei responsabili dell'esplosione che ha coinvolto il figlio ed Amy, mentre Jenkins cerca di ristabilire la calma nel paese ed al tempo stesso scovare i traditori. Nel frattempo la preside della scuola di Ben cerca di creare tensione tra quest'ultimo ed i suoi genitori, mentre Kate rivela di conoscere la vera identità dello psichiatra di Wayward Pines.

Mentre la salute di Amy peggiora e Ben continua a dimostrare ostilità verso il padre, Pilcher sprona Ethan ad adottare l'unica soluzione che potrebbe ristabilire la pace a Wayward Pines, ossia uccidere Kate e tutti i suoi complici in un regolamento dei conti pubblico. Nel frattempo Pam teme che il fratello stia perdendo il controllo della città e fa in modo che Theresa venga a conoscenza della verità, coinvolgendo più persone possibili.