Alcuni alieni, gli stessi utilizzati dalla Equinox come carburante, riescono ad arrivare a bordo della Voyager e ad attaccare i membri dell'equipaggio. Anche Chakotay viene ferito gravemente e la Voyager si lancia all'inseguimento della Equinox.

Mentre la Voyager è attraccata in una stazione spaziale, Sette di Nove viene avvicinata da tre ex-Borg che, anche se liberi dal Collettivo, sono ancora collegati fra di loro. I tre pensano che la donna sia l'unica a poterli aiutare a conquistare l'individualità.

B'Elanna vive un'esperienza molto vicina alla morte, durante la quale si trova su una barca dei morti Klingon, che trasporta le anime diseredate verso Grethor. Lì vede anche l'anima di sua madre che è decisa a salvare da quel destino.

Il Dottore inserisce nel suo programma l'abilità di sognare ad occhi aperti. Quando però una creatura aliena riesce a mettere le mani nel programma, egli perde la capacità di distinguere i sogni dalla realtà.

Tom Paris cerca di convincere Chakotay a concedergli il permesso di acquistare una nave spaziale in disuso da un venditore di merci alieno. Una volta acquistata egli inizia a ripararla, ma la nave comincia a prendere il controllo della sua mente.

Di ritorno da una missione con Neelix, Tuvok viene attaccato da una strana specie aliena e riporta seri danni neurologici. Dopo essere stato guarito, tuttavia, il suo comportamento cambia diventando più aperto e disponibile.

Dopo essere stata sotto attacco dei Turei, la Voyager fa sosta su un pianeta disabitato per poter effettuare le necessarie riparazioni. In una caverna sotterranea, i membri dell'equipaggio scoprono gli ultimi sopravvissuti degli abitanti originari del pianeta.

Una rara emissione di energia subspaziale viene avvistata dalla Voyager. Essa è pericolosa perché in passato ha già fatto diverse vittime, tra cui una nave spaziale per una missione su Marte nel 21emo secolo.

Dopo aver immagazzinato una grandissima quantità di dati, Sette di Nove comincia ad accusare tutti quanti di cospirazione sulla Voyager, soprattutto dopo l'arrivo di un alieno che ha la tecnologia necessaria per far avvicinare l'astronave alla Terra.

Tornato sulla Terra, Reginald Barclay diventa ossessionato dal trovare un modo per mettersi in comunicazione con la Voyager. L'ex-ingegnere dell'Enterprise chiede aiuto anche al consigliere Deanna Troi.

Mentre l'equipaggio si gode un po' di relax nel nuovo programma di ologrammi di Tom Paris, che riproduce un villaggio irlandese, Janeway si innamora del barista olografico. Tuttavia i problemi sono dietro l'angolo visto che un nemico si avvicina alla Voyager.

La Voyager rimane intrappolata nell'orbita di un pianeta unico; infatti l'equipaggio scopre che sul pianeta il tempo scorre molto più velocemente che nel resto della galassia. Di conseguenza, i giorni corrispondono a secoli.

L'abilità canora del Dottore viene scoperta da una razza superiore di alieni. Una volta guadagnata la popolarità, Il Dottore prende in considerazione la possibilità di dare le dimissioni e trasferirsi sul pianeta dove ha milioni di fans adoranti.

Tutto l'equipaggio della USS Voyager comincia ad avere ricordi vividi di battaglie a cui non hanno mai preso parte e soprattutto contro un nemico che non hanno mai incontrato su un pianeta del tutto sconosciuto.

Mentre si trovano in permesso, numerosi membri dell'equipaggio prendono parte a sfide di un gioco sanguinoso chiamto Tsunkatse. La vacanza però diventa incubo quando Tuvok e Sette di Nove vengono rapiti e quest'ultima costretta a giocare a Tsunkatse fino alla morte.

Dei bambini Borg, rifiutati dal Collettivo perché ritenuti inutili, arrivano e rapiscono Chakotay, Kim, Neelix e Paris. La Voyager decide di inviare Sette di Nove in soccorso dei colleghi per scoprire l'identità dei rapitori.

Gli abitanti della cittadina immaginaria del ponte ologrammi chiamata Fair Haven iniziano a pensare che l'equipaggio della Voyager abbia poteri mistici dal momento in cui li vedono usare la loro tecnologia.

Una misteriosa aliena femmina contatta la USS Voyager dicendo di essere l'ufficiale Lindsay Ballard, che però era stata uccisa durante una missione di esplorazione molti anni prima ed era stata seppellita secondo il rito tradizionale.

Sette di Nove comincia ad essere nostalgica quando vengono localizzati i genitori di Icheb, che quindi presto lascerà l'astronave per raggiungerli. Presto però essa diventa sospettosa nei confronti dei genitori e sulle circostanze di assimilazione del piccolo.

Un'indagine condotta tra l'equipaggio della Voyager per verificarne l'efficienza rivela che tre membri non si sono ancor del tutto integrati e Janeway decide di portarli con sé in missione. Tuttavia, la missione si rivelerà molto più che un semplice test...

Un gruppo di artisti della truffa impersonano il capitano Janeway e il suo equipaggio. I veri membri dell'equipaggio devono trovare in fretta gli impostori, prima che loro stessi vengano accusati dei crimini da loro commessi.

Un poeta trova un'incosciente B'Elanna Torres nella Delta Flyer dopo essere precipitata sul suo pianeta. Egli intende usare Torres come musa ispiratrice per raccontare le storie della Voyager e guadagnare il consenso del suo padrone.

Una ormai invecchiata Kes torna sulla Voyager per consumare una vendetta nei confronti di Janeway, colpevole di averla sottratta al suo pianeta natale troppo giovane. Per farlo userà i suoi poteri e cercherà di salvare sé stessa nel passato.

Attraverso il progetto Pathfinder giungono sulla Voyager cattive notizie che riguardano il creatore del Dottore: egli infatti è molto malato. Nel tentativo di salvargli la vita, il programma del Dottore viene trasferito nel Quadrante Alfa.

Quando la Voyager deve spegnere l'alimentatore principale di energia, viene interrotto anche il ciclo di rigenerazione dei Borg. Per questo Neelix cerca di intrattenere i bambini Borg raccontando loro una storia sul ponte dodici.