Will Schuester è un insegnante ottimista che cerca di reinventare il Glee Club della scuola McKinsley e anche sé stesso. Egli cerca di convincere i ragazzi che hanno talento, mentre deve scontrarsi con lo scetticismo degli altri insegnanti.

Il Glee Club è chiamato per la prima volta ad esibirsi di fronte a tutta la scuola, e i ragazzi decidono di spingere la loro performance al limite. Intanto, Rachel capisce di provare qualcosa nei confronti di Finn, costringendo Quinn a fare di tutto per non farsi rubare il ragazzo. Terri invece rivela una nuova importante notizia a suo marito Will.

Will forma un gruppo vocale maschile che canta a cappella e a cui dedica molto più tempo rispetto a quanto fa con il Glee Club. In sua assenza, i membri del Glee Club decidono di assumere un coreografo che possa aiutarli a mettere in piedi l'esibizione per i campionati nazionali. Intanto, Mercedes si innamora, ma i suoi sentimenti non sono ricambiati.

Kurt cerca di entrare a far parte della squadra di football della scuola per fare buona impressione su suo padre. Nel frattempo, Quinn e Finn ricevono delle notizie che cambieranno radicalmente la loro relazione, mentre Sue e Sandy uniscono le loro forze per cercare di distruggere il Glee Club.

Will è convinto che per il Glee Club ci voglia qualcuno in grado di far aumentare le motivazioni del gruppo e, per questo motivo, chiama una sua vecchia compagna di classe: April Rhodes. Tutto sembra andare per il meglio, fino a che l'insegnante non si rende conto che rischia di perdere un membro fondamentale del club.

Will vuole favorire un po' di sana competizione e indice una sfida di mashup tra ragazzi e ragazze del Glee Club. Nel frattempo, Terri accetta il lavoro di infermiera nella scuola in cui lavora anche suo marito, pur non avendo alcuna competenza medica, solo per poterlo tenere d'occhio.

Per creare difficoltà all'interno del Glee Club, Sue decide di mettere in competizione i ragazzi della scuola, ma i veri guai cominciano quando lei e Will vengono chiamati nell'ufficio del Preside. Nel frattempo, i ragazzi del Glee Club cercano di dimostrare tutto il loro supporto a Quinn.

Will chiede ai suoi studenti di comporre un mash-up per un'occasione davvero speciale. Intanto, i ragazzi più popolari della scuola vengono messi in imbarazzo, in un vero e proprio ribaltamento di ruoli e una guerra di granite in faccia, mentre Sue mostra finalmente il suo lato più tenero.

Quando Artie si rende conto che le sue possibilità di andare in viaggio con il Glee Club per partecipare alle Regionali sono messe in discussione, Will decide di cambiare le carte in tavola per incoraggiare gli altri studenti ad affrontare la vita da un altro punto di vista. Nel frattempo, c'è la prima sfida per definire chi è meglio tra Kurt e Rachel.

Will decide di dividere i membri del Glee club in coppie per cantare le loro ballate preferite, ma quando uno dei ragazzi si ammala, è costretto lui stesso a mettersi in gioco in prima persona. Nel frattempo, Finn e Quinn devono affrontare i genitori di quest'ultima riguardo alla gravidanza.

Convinto che Sue stia tramando qualcosa alle sue spalle, Will decide di far visita all'insegnante di un Glee Club rivale per verificare quali informazioni possa passare di nascosto la sua collega agli avversari. Nel frattempo, Kurt aiuta Rachel a rifarsi il look per far colpo su Finn.

Quando i membri del Glee Club scoprono di essere stati esclusi dall'album fotografico annuale della scuola a causa dei tagli del budget, sono tutti sollevati di non dover subire le umiliazioni subite negli scorsi anni (tutti, eccetto Rachel). Quinn invece riesce a farsi ritrarre con le Cheerios.

E' finalmente arrivato il momento delle Regionali, ma la rivelazione del segreto di Quinn rischia di distrarre il gruppo del Glee Club. Nel frattempo, le trame di Sue per sabotare Will raggiungono il culmine, mentre il matrimonio tra Ken e Emma sembra essere giunto allo stallo.

Le Nuove Direzioni sono al settimo cielo per aver vinto le Provinciali e iniziano a provare nuovi numeri da portare alle Nazionali. Il feeling tra Finn e Rachel si raffredda però quando tra loro due si intromette Jesse St James, mentre Will decide di far visita alla coach della squadra dei Vocal Adrenaline.

Mr. Schuester è preoccupato che le ragazze del Glee Club possano essere trattate male dai ragazzi. Per questo, lancia una sfida a tutto il gruppo: scegliere le canzoni di Madonna per preparare la prossima esibizione e fare loro il messaggio della sua musica.

Kurt decide di organizzare un appuntamento per suo padre perché ha in mente un piano ben preciso. Sue intanto chiede alle Cheerios di sottoporsi a una dieta ferrea per prepararsi a un'intervista, mentre April torna per dare una mano a Will a sistemare le cose nel Glee Club.

Mr. Schuester decide di investigare sulla provenienza di una lista che circola per la scuola e che riguarda i membri del Glee Club. Nel frattempo, Sue è in forte imbarazzo quando emerge un video che la ritrae nella sua personale interpretazione di "Physical".

Un forte mal di gola ha conseguenze terribili per la voce di Rachel che inizia ad entrare nel panico. Nel frattempo, Kurt cerca di colpire positivamente suo padre, mentre Puck decide di compiere una mossa strategica per elevare il suo status sociale.

Il ritorno della vecchia nemesi di Will, Bryan Ryan, causerà problemi a tutto il Glee Club. Nel frattempo, Rachel deve fare i conti con un problema che la affligge da molto tempo, mentre il sogno di Artie lo porterà ad illudersi sul suo futuro.

Will incoraggia i ragazzi del Glee Club ad esprimersi preparando delle esibizioni con le canzoni di Lady Gaga. Nel frattempo, Rachel farà un incontro che le cambierà la vita, mentre Tina viene messa sotto accusa per il suo modo di vestire ed esprimere la sua personalità.

Il Glee Club entra in depressione dopo aver visto una performance dei Vocal Adrenaline. Nel frattempo Quinn, con l'aiuto di Mercedes, scopre il suo lato più "funky". Will invece lavora per ottenere vendetta nei confronti della sua nemica Sue.