Il Colonello Young e i resto dell'equipaggio continuano a scontrarsi con i soldati dell'Alleanza Lucian riguardo al controllo della Destiny. Nel frattempo il Lt. Johansen ha una visione mentre è in uno stato di incoscienza.

Rush riesce finalmente a trovare la sala di controllo della Destiny, ma decide di mantenere il segreto mentre la squadra viene mandata su un Pianeta attraverso uno Stargate inattivo. La squadra avrà allora solo sette ore per riattivare il passaggio.

L'astronave si imbatte in un'altra nave Ancients che è quasi identica alla Destiny. Non solo, essa sembra anche essere in grado di riportare finalmente tutto l'equipaggio sulla Terra.

Mentre la squadra affronta una minaccia interplanetaria, Chloe inizia a cambiare in modo inaspettato. Eli inizia a preoccuparsi di questi cambiamenti, seguito dal resto della squadra che vuole capire cosa le stia succedendo.

Matthew Scott si sveglia nella sua casa di Cloverdale, ma poco dopo succede qualcosa che fa cambiare tutto. L'uomo scopre allora di essere stato infettato da un organismo alieno e la squadra si mette al lavoro per curarlo.

Young ha una serie di sogni molto vividi in cui vede Chloe infettata da degli alieni che circondano la Destiny e distruggono la navicella senza cercare un dialogo. Eli scopre poi che forse l'origine di questi sogni si trova proprio nella navicella.

Rush e Young indagano su una misteriosa navicella aliena trovata naufraga proprio fuori dalla Destiny. Intanto il Dr. Perry arriva a bordo per aiutare l'equipaggio nei calcoli per le manovre della navicella.

Simeon riesce a scappare dalla Destiny uccidendo e prendendo in ostaggio parte dell'equipaggio. Rush allora si lancia al suo inseguimento per salvare la vita del compagno. Nel frattempo Eli lavora ai controlli del ponte.

L'equipaggio della Destiny si imbatte in uno shuttle dalla provenienza misteriosa. La squadra capisce subito che c'è qualcosa di strano nell'equipaggio della navicella e Wray inizia a interrogarli sotto ipnosi.

L'equipaggio ha un'accesa discussione su una strategia da adottare: è meglio seguire o lasciar perdere una fonte di energia che sembra provenire da un punto al di fuori delle mappe della Destiny? Rush vorrebbe indagare ma sembra che il viaggio sia davvero troppo lungo e tortuoso.

Il Dr. Rush fa visita alla squadra mentre è impegnata a riattivare l'astronave. Le cose però si complicano quando i piani si scontrano con un problema inaspettato. La squadra comunque assicura Rush che è solo questione di tempo.

Eli ritiene di aver trovato un modo per riuscire finalmente a riportare lo Stargate sulla Terra, facendo così nascere un'onda di eccitazione ed entusiasmo all'interno dell'equipaggio. Rush però non è sicuro che il suo piano possa essere efficace.

Dopo aver scambiato i loro corpi con quello del Senatore Michaels e con quello del Dottor Andrew Covel, Camile Wray e il Sergente Greer rimangono intrappolati all'interno di una navicella dopo aver subito un attacco di un'astronave della Lucian Alliance.

Mentre Johansen cerca di capire l'origine di una misteriosa malattia che sembra aver colpito il Dr. Volker, il corpo di Chloe viene finalmente rilasciato dalla morsa degli agenti patogeni che lo stavano controllando.

Richard Woolsey e il dottor Rodney McKay si uniscono alle negoziazioni con l'ambasciatore Ovirda di Langara; il loro obiettivo è utilizzare il naquadria del suo pianeta per garantirsi l'accesso alla quantità di energia necessaria per arrivare dallo Stargate alla Destiny.

Una squadra di esplorazione della Destiny sbarca in un mondo pieno di foreste e di vita selvaggia. All'interno di questo mondo vive anche un predatore felino che ferisce Scott e Park prima di prendere in ostaggio due soldati.

Durante un'esplorazione gli uomini della Destiny incontrano un piccolo gruppo di umani che li riconoscono e affermano di eessere i loro discendenti. La loro civiltà sarebbe stata fondata 2000 anni prima dai superstiti della Destiny in un pianeta lì vicino.

Sul Pianeta Novus l'equipaggio entra in un bunker scoprendo che al suo interno è contenuto l'intero archivio Tenaran. Da esso l'equipaggio scopre che gli abitanti del pianeta, ora completamente deserto, lo hanno lasciato dopo che questo era stato sommerso dalla lava.

Un folto gruppo di droni si lancia all'inseguimento della Destiny e si avvicina minacciosamente. La squadra si ritrova in difficoltà perché presa alla sprovvista: i droni infatti non si vedevano nei radar perché nascosti dietro ad un pianeta.