Come Mendell e Tamara insieme ad Henry, anche Emma, Regina, Gold, David e Mary Margaret sbarcano a Neverland con il veliero di Uncino: mentre Henry viene salvato dalle grinfie dei Ragazzi Perduti di Peter Pan, il gruppo si imbatte in una tempesta causata da un gruppo di sirene. Nel frattempo, Neal si risveglia nella foresta incantata sotto gli sguardi di Mulan, Aurora e Philip.

Nella continua ricerca di Henry in Neverland, Emma si imbatte in Peter Pan, che gli consegna una mappa vuota la quale svelerà il luogo in cui il figlio si trova soltanto quando la donna riuscirà ad ammettere a sé stessa la sua vera natura. Intanto, nel mondo delle fiabe, dopo aver rotto l'incantesimo Azzurro cerca di convincere Biancaneve a combattere con Regina per il regno.

Mentre David continua a tenere nascosta la ferita al resto del gruppo, la ricerca di Henry va avanti nella giungla di Neverland, in cui l'unica possibilità per superare i trucchi di Peter Pan sembra essere una certa Campanellino, da cui Regina si nasconde. Nel frattempo, Neal chiede aiuto a Mulan e Robin Hood per riuscire a convocare l'ombra che potrebbe portarlo da Emma e il figlio.

Neal viene catturato da uno dei ragazzi di Peter Pan ma riesce a liberarsi, e nella fuga si scontra con il padre, Tremotino, che lo credeva morto. Nel frattempo, David continua a tenere nascosta la sua ferita alla famiglia mentre Uncino conduce il gruppo nel vecchio rifugio di Baelfire nella speranza che abbia nascosto il modo per fuggire da Neverland.

Mentre il passato di Killian Jones da tenente sulla nave del fratello Capitano viene svelato, il gruppo di Neverland - per evitare che Henry si senta solo ed abbandonato - decide di mettersi in contatto con il bambino e fargli sapere che la sua famiglia lo sta cercando. Nel frattempo, Uncino convince David ad una missione per ritrovare il sestante perduto dal fratello anni prima, che potrebbe aiutarli a decifrare la mappa di Neal.

Il passato di Regina e Mary Margaret è accomunato da un altro personaggio: Ariel è una sirena che desidera diventare umana più di ogni altra cosa al mondo e quando salva Biancaneve dalle grinfie della Regina Cattiva, quest'ultima decide di vendicarsi fingendosi Ursula. Nel frattempo, a Neverland Emma scopre che Neal è ancora vivo, ma qual è il prezzo da pagare per liberarlo da Peter Pan?

Neal rivela che l'unico modo per assicurarsi un biglietto di ritorno è catturare l'ombra di Pan, situata in un posto chiamato Dark Hollow, quindi si mette in viaggio insieme ad Emma e Uncino. Nel frattempo, Ariel arriva a Storybrooke ed incontra Belle, che l'aiuta a procurarsi quello che serve a Gold per tornare a casa, non prima però di aver conosciuto i fratelli di Wendy, intrappolata da più di cento anni a Neverland.

Mentre Peter Pan conduce Henry alla Roccia del Teschio per salvare Neverland e la magia, Gold e Regina si rincontrano con il gruppo e si imbattono in Wendy Darling, che rivela loro il vero motivo dell'interesse di Pan. Nel frattempo, un tuffo nel passato di Tremotino ci mostra come il padre, un uomo mai cresciuto e irresponsabile, lo abbia abbandonato a sé stesso.

Scoprendo qualcosa di più sul passato di Henry e Regina, quest'ultima tenta di salvare il cuore del figlio con l'aiuto di Emma e Mary Margaret ma Peter Pan è infallibile e tende loro una trappola. Nel frattempo, un tuffo nel passato fa capire come l'arrivo di Henry nella vita di Regina sia stata opera di Gold e della sua vendetta.

Il ritorno a casa insospettisce fin da subito Emma che nota qualcosa di strano nel comportamento di Henry, sopratutto dopo che quest'ultimo chiede a Regina di poter dormire a casa sua. Nel frattempo, Pan complotta perché venga guidato senza sospetti verso il suo prossimo obiettivo: la volta funeraria di Regina e una maledizione che potrebbe far sorgere la nuova Neverland.

Gold riesce a scambiare i corpi e le anime di Pan e Henry attraverso la magia, ma è ormai troppo tardi: con l'aiuto fondamentale di Felix, il padre di Tremotino ha già gettato la maledizione su Storybrooke. Per scongiurarla, Regina dovrà rinunciare alla cosa che ama di più.

Biancaneve ed Azzurro fanno ritorno nella foresta incantata, ed insieme a Regina ed il resto del gruppo decidono di mettersi in viaggio verso il loro vecchio castello. Intanto, ignari del loro magico passato, la vita newyorkese di Henry ed Emma viene interrotta quando quest'ultima incontra Uncino, il quale le confessa di essere in pericolo e di dover tornare a Storybrook ad aiutare la sua vera famiglia.

Nel regno della magia, Regina suggerisce un piano che le permetterebbe di reimpadronirsi del suo castello e cacciare la Strega Malvagia dell'Ovest. A Storybrooke, Emma è intenta a scoprire chi abbia gettato l'incantesimo che ha cancellato un anno di vita dalla memoria degli abitanti, mentre Zelena si avvicina a Mary Margaret nei panni di una levatrice.

Uncino, Regina ed Emma si mettono sulle tracce di Zelena, mentre quest'ultima - con la scusa di essere la levatrice di Mary Margaret - si avvicina a David a tal punto da giocargli un brutto scherzo e metterlo davanti alle sue più grandi paure. Un anno prima, nel mondo della magia, lo stesso Principe Azzurro si ritrova ad aiutare la giovane Rapunzel a combattere per lo stesso motivo.

Dopo essere tornati nel mondo delle fiabe, Neal - con l'aiuto di Belle e di Lumiere, un candelabro magico - trova il modo per far tornare in vita il padre Tremotino, non sapendo però a quale prezzo. Un anno più tardi a Storybrooke, dopo aver scoperto che era prigioniero di Zelena, Emma e David decidono di mettersi sulle tracce di Gold.

Nel passato, dopo aver scoperto le sue origini Zelena chiede al Mago di Oz di mandarla nel mondo delle fiabe, dove potrà impedire a Tremotino di insegnare a Regina i suoi trucchi magici, rendendo la primogenita di Cora la futura prescelta. Nel mondo reale Regina viene sfidata a duello dalla sorella, che ha come asso nella manica il potere di Gold.

Nel mondo della magia, Ariel attacca Uncino accusandolo di aver rapito Eric. Un anno dopo, nel mondo reale, la sirena arriva a Storybrooke in cerca di aiuto e sempre in cerca del suo principe. Nel frattempo, Emma chiede a Regina di addestrarla nell'arte della magia nella speranza di poter unire le forze e sconfiggere Zelena, mentre Mary Margaret e David scoprono che Henry li considera noiosi.

Zelena cerca di distrarre Regina mentre Gold - nelle mani della strega contro la sua volontà - si reca nella foresta da Robin Hood per appropriarsi del cuore del sindaco di Storybrooke. Quest'ultima decide quindi di invocare lo spirito della madre Cora per scoprire la verità sulla sorellastra, nella speranza di scoprire le sue malvage intenzioni.

Regina si rende conto che la chiave per interrompere l'incantesimo di Zelena, e far tornare la memoria dell'anno perso agli abitanti di Storybrooke, risiede in Henry e nella sua abilità di credere nella magia e nel mondo delle fiabe. Intanto la Strega dell'Ovest minaccia Uncino di uccidere il figlio di Emma se il pirata non si decide a baciarla e toglierle così i poteri.

Gli abitanti di Storybrooke cercano di protegger Mary Margaret, che sta per dare alla luce il prodotto del vero amore, ultimo ingrediente che serve alla Strega dell'Ovest per tornare indietro nel tempo. Nel passato, ad Oz, Glinda cerca di convincere Zelena della sua natura innocente facendole conoscere le streghe dell'Est e del Nord, sue vere sorelle, ma l'idillio viene interrotto dal brusco arrivo di Dorothy dal Kansas.

Con la morte di Zelena il portale che collega Storybrooke al passato viene aperto, e nel tentativo di capire come fermarlo Emma ed Uncino si ritrovano scaraventati nella foresta incantata, proprio in tempo per l'incontro dei suoi futuri genitori e l'agguato che Biancaneve tende al futuro marito e alla sua promessa sposa, la figlia di Re Mida Abigail.