L'equipaggio del sottomarino "USS Colorado", il più potente sottomarino nucleare mai costruito, riceve ordine di aprire il fuoco attraverso un canale di emergenza, il capitano Marcus Chaplin chiede conferma e la situazione precipita vertiginosamente.

Più di 20 navi da guerra si avvicinano al perimetro di sicurezza di 200 miglia stabilito dal capitano Marcus Chaplin, nel frattempo, sull'isola, la situazione dell'equipaggio si complica.

Sam Kendall cerca di sedare una disputa, dovuta al furto di una banana, tra alcuni marinai e gli abitanti dell'isola, nel frattempo scompare un altro uomo di Chaplin e il capitano si vede costretto a chiedere l'aiuto di Joseph Prosser, aiuto che arriva ad una condizione.

Mentre il capitano Chaplin e Sam Kendal scoprono di essere stati accusati di alto tradimento nei confronti degli Stati Uniti, una minaccia più grave sta nascendo all'interno dell'equipaggio.

Nel tentativo di far rimuovere l'embargo a Sainte Marina il capitano Chaplin e Sam iniziano delle difficili trattative con il governo degli Stati Uniti. Nel frattempo Grace deve prendere il comando del Colorado per risolvere un problema appena insorto.

L'equipaggio del Colorado è colpito da un attacco di provenienza sconosciuta, più la confusione e l'aggressività prendono il sopravvento, meno il capitano Chaplin e Sam Kendal riescono a fidarsi del proprio istinto mentre cercano di salvare il sottomarino e l'isola.

Il capitano Marcus Chaplin e il suo secondo Sam Kendal, preoccupati dal furto della chiave di innesco dei missili nucleari, cominciano una serie di perquisizioni a tappeto che innervosiscono sempre più i membri dell'equipaggio.

Sam e James lasciano l'isola nel tentativo di salvare la vita della moglie di Sam, Christine. Nel frattempo, un uomo offre aiuti e rifornimenti, in rappresentanza della Cina, mentre Prosser torna nel gruppo, ma senza rivelare a nessuno del suo infortunio.

Un tifone, un ammutinamento e un colpo di stato a Washinghton costringono Marcus e il resto del gruppo a formare alleanze inaspettate. Nel frattempo, il Sainte Marina attende ancora i rifornimenti richiesti.

Kylie lavora con l'ammiraglio Shepard per deporre il Presidente, utilizzando delle prove che rivelano il suo operato in Pakistan. Tutto ciò permette a Marcus di lasciar perdere il Colorado.