Chandler e il suo team uniscono le forze con la resistenza nel tentativo di sconfiggere Amy Granderson. Con le scorte di medicinali in esaurimento, Rachel cerca di fare qualcosa di buono per i malati, pur rimanendo prigioniera di Avocet.

Slattery e l'equipaggio della Nathan James lottano contro il tempo per salvare il Dr. Tophet e riprendere il controllo della nave.

Nathan James torna a casa a Norfolk con una missione: produrre e distribuire la cura. Con la sua famiglia ora al sicuro a bordo della James, Chandler manda il suo equipaggio alla ricerca dei loro amici e dei loro cari.

L'equipaggio di Nathan James scopre che la nave ospedale USNS Solace è stata inviata in mare ad aspettare la cura del dottor Scott. Il capitano Chandler vede l'opportunità di aggiungere un'altra nave alla loro flotta, mentre Rachel è desiderosa di trovare un laboratorio più attrezzato per replicare il vaccino.

Chandler e il suo equipaggio si scontrano con un sottomarino a propulsione nucleare guidato da ufficiali britannici.

Chandler tiene traccia degli Immuni a nord della Florida. Nel frattempo, Rachel si imbatte in una formula segreta che il suo mentore, il dottor Hunter, ha perfezionato prima che gli Immuni lo assassinassero. La formula garantirebbe una produzione di massa, ma è incompleta.

Mentre Slattery lotta per eludere i sub in acqua, Chandler e il team di terra si infiltrano nel compound. Danny si finge uno dei lavoratori di Ned e scopre che Niels, alias il Paziente Zero, è ora al lavoro per i Ramsey.

Ancora alle prese con la formula perduta del Dr. Hunter, Rachel deve gestire Niels, il suo nemico giurato, ora a bordo della Nathan James, mentre Chandler lavora per invertire il lavaggio del cervello che Michener ha sofferto per mano dei Ramsey.

Con la dottoressa Scott sull'orlo di una svolta, Chandler e il suo team vanno alla ricerca di materiali per il suo laboratorio. Una volta lì, Burk si imbatte in una banda di bambini sui quali è stata posta una taglia per ottenere informazioni sulla marina.

Rachel è al lavoro su una nuova versione della cura, mentre Alisha decodifica un messaggio trovato su un telefono cellulare recuperato dagli immuni a terra. Una morte sospetta sulla nave porta Chandler a un'indagine per omicidio, provocando il dissenso tra i membri dell'equipaggio e minacciando di sconvolgere l'ordine e la disciplina.

Sean Ramsey trasmette un messaggio che coinvolge la Marina in un disastro devastante. Ora è più importante che mai per Chandler infiltrarsi nella loro rete e riconquistare la fiducia del popolo americano. Nathan James individua la fonte del segnale degli Immuni: una misteriosa piattaforma petrolifera nel mezzo dell'oceano.

Dopo aver scoperto la mente dietro il network di comunicazione degli Immuni, la Nathan James si trova intrappolata tra il sottomarino e la barricata civile da loro creata. Mentre James si dirige verso l'inevitabile scontro finale con il sottomarino, Chandler porta la dottoressa Scott e la cura fuori dalla nave sotto la protezione di Slattery.