La mancanza di autorizzazione di Charlie può mettere in pericolo la vita di Don, quando quest'ultimo e Ian Edgerton si mettono sulle tracce dei sospetti responsabili delle morti di due scalatori di roccia.

Don e la sua squadra fanno una corsa contro il tempo cercando di catturare un gruppo di rapitori che hanno preso le loro vittime per rubare i loro soldi in banca. La situazione peggiora ulteriormente quando uno dei sequestrati viene ucciso.

L'agente McGowan fa la sua mossa contro Don, mentre la sua squadra è impegnata in un caso nel quale otto persone, compresi due agenti di polizia, sono stati uccisi all'interno di un bar. Colby però si fa coinvolgere fin troppo dal caso.

La squadra di Don aiuta l'agente Bloom, un veterano dell'FBI, nel tentativo di rintracciare un criminale. Nel frattempo, viene finalmente presa la decisione finale sull'autorizzazione per Charlie.

C'è un uovo marcio all'interno di un business dei trasporti e consegne e tocca al team dell'FBI riuscire a trovarlo. Quando però un uomo del team di Don rimane vittima sul campo, Don si interroga sul suo ruolo di leader.

David si trova coinvolto nel bel mezzo delle indagini per una serie di persone scomparse quando l'ultima della serie, una maga, scompare proprio quando David stava assistendo ad un suo spettacolo di magia.

Uno degli amici di Don e Charlie muore in quello che inizialmente viene bollato come un incidente. I due fratelli tuttavia non sono pienamente convinti e indagano con l'obiettivo di far emergere la verità.

Un incidente che coinvolge un treno costringe Don e i suoi uomini a correre contro il tempo, non solo per cercare di salvare i passeggeri rimasti intrappolati, ma anche per scoprire se si sia trattato di un incidente o di un atto terroristico.

Nella sede di una celebre associazione di beneficenza viene messa una bomba. Quello che inizialmente sembra un attentato terroristico si rivela però qualcosa di diverso quando Don, Charlie e gli altri indagano più da vicino.

Charlie è costretto a collaborare con un suo storico nemico, Marshall Penfield, per riuscire a risolvere un caso. Nel frattempo, Don cerca di capire se la sua religione è in grado di dargli le risposte che sta cercando.

Un criminale condannato, in carcere per scontare la sua pena, riesce ad evadere per portare a compimento la sua personale vendetta. Le circostanze costringono quindi Don a trovarsi faccia a faccia con il suo passato.

Don e i suoi uomini cercano in tutti i modi di mettere in salvo le persone che sono state sequestrate su un autobus. Nel frattempo, Alan deve fare i conti con la sua prima esperienza con il modello think-tank.

Il rapimento di un agente dell'FBI che lavorava sotto copertura, costringe Don e i suoi a indagare sul mercato nero a Chinatown. Il caso porta anche il sensitivo Samuel Kraft di nuovo nella vita di Charlie.

La squadra investigativa dell'FBI si trova ad indagare nel mondo dei collezionisti di sneakers, dopo che un ambasciatore di un paese straniero viene derubato di un paio di scarpe in edizione limitata.

Quando Robin Brooks perde un caso che riguarda l'omicidio di un informatore, la squadra di Don la prende molto sul personale. Decidono quindi di aggirare la decisione del tribunale e indagare meglio sulla vicenda.

Charlie escogita un piano per riuscire a fermare la diffusione di una pericolosa droga che viene usata nelle strade di LA. Il suo piano è però rischioso perché può mettere in pericolo la vita di un agente di Don.

Una scienziata viene uccisa dalla macchina con intelligenza artificiale che lei stessa aveva creato. La sua morte apre le porte alla carriera di Charlie che però prima cerca di capire che cosa sia successo esattamente insieme a Amita.

Un boss delle mafia viene condannato alla pena di morte, ma nuove informazioni che sono emerse potrebbero scagionarlo ed evitargli la morte. Il team investigativo ha quindi poche ore per riuscire a provarne l'innocenza.

Le indagini sull'omicidio di un professore prendono una piega inaspettata quando portano alla luce la possibilità che il caso sia collegato a un gruppo di attivisti estremisti che si batte per i diritti degli animali.

Durante un'indagine alcuni calcoli fatti da Charlie sono in realtà errati. Le conseguenze del suo errore saranno gravi, visto che suo fratello Don viene ferito gravemente nel corso delle indagini per il caso.

Charlie accusa ancora il colpo di aver causato quasi la morte di suo fratello e, per redimersi, impegna tutto sé stesso nel tentativo di riuscire a catturare un serial killer che sta gettando nel panico la città.

Il team investigativo dell'FBI è alle prese con le indagini su una serie di rapine in banca, messe a segno da un gruppo di falsari. Nel corso del caso si troveranno di fronte a qualcosa di familiare.