La squadra Atlantide tenta di fermare le due navi alveare Wraith che si stanno dirigendo verso la Terra. A bordo, McKay e Ronon sono ostaggi degli alieni, ma non sanno che sullo stesso vascello si trova anche Sheppard.

La squadra deve decidere il destino di una colonia di circa duecento Wraith che hanno riconquistato il loro aspetto umano. Dopo essere stati condotti in un remoto pianeta, gli alieni si ribellano e riescono a sopraffare il team comandato da Sheppard.

Il colonnello Sheppard conosce un uomo molto sgradevole che però è adorato da tutti grazie a un segreto che custodisce gelosamente. Questi offre delle erbe molto rare e preziose che hanno degli effetti curativi in cambio del vascello della squadra. Gli uomini di Atlantide iniziano a comportarsi in modo strano.

Ronon Dex viene catturato dai Wraith e ricondotto suo malgrado sul pianeta Sateda. Senza una vera via di uscita, Ronon viene costretto ancora una volta a fare da preda nel corso delle feroci battute di caccia dei Wraith.

Weir e il resto della squadra visitano un mondo popolato da una civiltà molto avanzata che migliaia di anni prima ha abbandonato i Lantiani. L'incontro, anche se di natura prettamente amichevole, potrebbe avere degli effetti distruttivi sulla pace e il futuro di Atlantide.

La dottoressa Weir si risveglia in un ospedale psichiatrico dove gli fanno credere che gli eventi riguardanti la spedizione su Atlantide e l'intera storia degli Stargate sarebbero il frutto della sua immaginazione e del suo disturbo mentale.

Sheppard viene fatto prigioniero assieme a un Wraith da uno dei comandanti dei Genii, una popolazione già incontrata dalla squadra Atlantis. L'alieno con il quale Sheppard condivide la prigionia è stato momentaneamente separato dalla sua nave alveare e quindi...

Il dottor McKay torna sulla Terra e ritrova la sorella che non vedeva da moltissimi anni. L'uomo scopre che la ragazza è divenuta nel frattempo una brillante scienziata e che ha fatto un'importante scoperta.

Mentre si trovano su di un pianeta sconosciuto per effettuare una delicata missione di soccorso, Sheppard e Ronon vengono influenzati da un dispositivo Wraith in grado di alterare la mente e soprattutto la percezione del mondo esterno.

Gli uomini della spedizione Atlantis vengono a sapere che una nave degli Antichi, con tutto l'equipaggio, sta per ritornare a casa e che vorrebbe reclamare i propri diritti sulla città perduta di Atlantide.

La spedizione è costretta a contravvienere agli ordini per tentare di salvare la città che intanto è caduta sotto il controllo dei Replicanti. Allo stesso tempo, gli uomini di Atlantide provano a salvare il Generale O'Neill e Richard Woolsey che sono rimasti intrappolati.

Gli abitanti di Atlantide iniziano a soffrire di strani disturbi. Come se non bastasse, alcuni enormi cetacei si dirigono verso la città, portando con loro un inatteso annunciatore del destino.

La squadra incontra ancora una volta l'irresistibile Lucius Lavin. L'imbroglione, stavolta, utilizzando tecnologia Wraith, sta manipolando la popolazione di un altro pianeta facendosi passare per un eroe invincibile.

Un nuovo dispositivo degli Antichi conferisce a Rodney dei poteri straordinari. Le brillanti capacità dello scienziato sono però fatali. Per sfuggire al suo triste destino, McKay è costretto a scoprire il modo per effettuare l'ascensione.

Sheppard e McKay scoprono un interessante videogioco. Appassionatisi fino alla paranoia, i due scoprono che il videogame ha dei poteri sconoscuti e che controlla l'intera popolazione di un pianeta che ora si trova sull'orlo di una guerra.

La spedizione riesce a individuare l'ultimo sopravvissuto di un'antica civiltà, in animazione sospesa da anni. La vita dell'uomo è in serio pericolo perché la stazione nella quale si trova viene danneggiata da un attacco nemico.

La squadra Atlantis è costretta a trascorrere qualche ora di forzato riposo, ma un'improvvisa esplosione provoca la morte di tre persone. Il tragico evento però permette di scoprire che uno degli scienziati è una potenziale bomba a tempo.

Esaminando il profondo oceano che circonda la città perduta, la spedizione individua un vecchio impianto di trivellazione appartenente agli Antichi. Durante una ricognizione, gli uomini rinvengono, all'interno della struttura, la dimora una regina Wraith ancora in vita.

La squadra Atlantis indaga sulla sparizione di uno dei suoi preziosi alleati e scopre così che un loro vecchio nemico comune sta creando una nuova razza di potenti mostri, pronti a sferrare un terribile attacco.