Da Manhattan a Tokio, dal Texax all'India e di nuovo fino a Las Vegas, cominciamo a conoscere gli incredibili protagonisti di Heroes.

Hiro viaggia nello spazio-tempo: dal Giappone (2 Ottobre) a New York (8 Novembre). L'agente Matt Parkman si rende conto che può sentire i pensieri della gente che gli sta accanto.

Hiro vuole l'aiuto del suo amico Ando. Claire soffre per una ferita che non può guarire immediatamente. Mohinder scopre le connessioni tra suo padre e Sylar. Matt ha un collasso nel bar appena vede l'haitiano.

Matt viene rapito da Mr. Bennet e dall'haitiano. Hiro e Ando vanno a Las Vegas per giocare d'azzardo e scommettere, ma vengono messi nel sacco da quattro uomini. Nello stesso casinò Niki Sanders incontra Nathan. Peter Petrelli invece incontra un Hiro proveniente dal futuro.

Matt usa i suoi poteri per cercare di salvare il suo matrimonio. Niki scopre che suo marito D.L. è fuggito di prigione. Claire si confida con suo padre. A Las Vegas Hiro finalmente entra in contatto con un altro eroe. Peter deve capire cosa fare con i suoi messaggi misteriosi.

Hiro e Ando vengono coinvolti in uno scontro a fuoco. Mr. Bennet organizza un incontro tra sua figlia Claire e i suoi genitori biologici. Hiro chiama ancora Isaac ma questa volta è Peter a rispondere. Mohinder ritorna in India per dare sepoltura a suo padre. Niki riceve una visita a sorpresa.

Hiro cancella i suoi dubbi riguardo l'essere un supereroe. Nathan e sua moglie decidono la strategia per vincere l'elezione. Peter li aiuta in maniera inaspettata. Claire scopre cosa è accaduto al suo videotape scomparso. Matt e Audrey continuano le loro indagini sul serial killer Sylar.

Suresh deve capire come procedere dopo aver fatto strani sogni che fanno riferimento al suo passato. Niki inizia a capire se stessa. Hiro e Ando incontrano uno strano personaggio in un ristorante. Matt e Audrey seguono una traccia che sembra portare al misterioso Sylar. Claire cerca di riprendere una vita normale.

Grazie ai quadri di Isaac, il padre di Claire scopre che sua figlia è in pericolo e quindi cerca disperatamente di fermare Sylar, il killer che la sta cercando. I sogni di Mohinder nascondono segreti riguardanti suo padre. Ando aspetta Hiro che tarda a ritornare dal passato. Peter deve provare a salvare se stesso e la cheerleader.

Questo episodio è ambientato sei mesi prima rispetto agli avvenimenti del filone principale. Chandra Suresh arriva a New York in cerca di persone che possono confermare la sua teoria. Peter prende il diploma alla scuola per infermieri. Niki riceve una visita da suo padre. Hiro prova ad alterare il futuro per qualcuno che gli sta molto a cuore. Claire si unisce alle cheerleader. Suo padre incontra Chandra Suresh.

Peter viene arrestato per sbaglio ad Odessa, costringendo così Nathan a distrarsi dalla sua campagna per il Congresso. Claire si trova ad aver a che fare con le implicazioni che seguono al fatto di aver detto a suo padre la verità. Matt e Audrey si mettono a seguire una nuova traccia per arrivare a Sylar, non sapendo che il killer è già stato catturato da Mr. Bennet. Hiro e Ando arrivano a Odessa. Niki deve prendere una decisione difficile per la sua famiglia. Mohinder torna a New York per continuare le ricerche iniziate da suo padre. Viene svelato un altro misterioso quadro di Isaac.

Matt svela i suoi poteri a sua moglie. Mr. Bennet si consulta con Mohinder. Adesso che conosce la verità, Claire prova a dare un senso alla sua vita. Hiro cerca la spada che gli è stata destinata. Niki subisce le conseguenze di essersi consegnata alla polizia. Simone e Nathan sono preoccupati per Peter che è stato in coma per due settimane. Peter incontra un nuovo eroe. Micah va a fare visita a sua madre.

Hiro continua a cercare la spada mentre una figura misteriosa inizia a dargli la caccia. Un uomo invisibile di nome Claude ha qualcosa da insegnare a Peter. D.L. deve affrontare le sue nuove responsabilità familiari. Matt si apre con sua moglie. Claire cerca l'Haitiano e i suoi veri genitori.

Hiro deve spiegare le sue nuove ambizioni da supereroe a suo padre, un ricco magnate. Niki ha una chance per riunirsi con D.L. e Micah. Peter si interroga su chi siano le persone che gli stanno realmente più vicino mentre cerca di controllare i suoi poteri. Claire trova la sua madre naturale. Sylar si traveste e fa una mossa contro Mr. Bennet e la sua famiglia.

Matt entra nel business della sicurezza privata e prende lavoro da un cliente poco raccomandabile. Suresh trova un'altra delle persone che sono sulla lista. Claire cerca di saperne di più sui suoi genitori naturali. A Las Vegas Hiro e Ando ancora una volta vengono depistati mentre sono alla ricerca della spada. Nathan ha a che fare con un segreto che sbuca dal passato.

Peter capisce che lui e Claude potrebbero essere stati scoperti. Matt si riunisce con il radioattivo Ted Sprague e Hana Gitelman, una donna con degli speciali poteri mentali. Hiro è chiamato a fare una scelta difficile riguardo la sua missione. Claire non riesce a trattenere il suo odio nei confronti di Mr. Bennet.

Matt Parkman e Ted Sprague vanno in Texas alla ricerca di risposte e per prendere Mr. Bennet e la sua famiglia in ostaggio. Scopriamo qualcosa in più riguardo l'agenzia per cui lavora Mr. Bennet ed il modo in cui lui è riuscito a trovare Claire.

Le elezioni sono sempre più vicine, così come la distruzione di New York. Nathan incontra Linderman. Hiro tenta di rubare la spada. Suresh e Sylar fanno progressi con la lista non senza grandi sacrifici. D.L. inizia a sospettare che a casa ci siano dei problemi. Isaac dipinge un quadro ancora più terribile. Appare una nuova eroina di nome Candice Wilmer.

Sylar e Peter si affrontano. Linderman rivela i suoi piani a Nathan e ottiene l'aiuto di un altro eroe. Claire riesce finalmente ad incontrare il suo vero padre. Bennet, Matt e Ted tentano di fuggire da Thompson.

Hiro e Ando si ritrovano cinque anni dopo la distruzione di New York. Tutti quelli con poteri straordinari vengono etichettati come terroristi per poi essere registrati, cacciati ed uccisi. I due incontrano le versioni 'oscure' di altri supereroi che si stanno preparando per una chiarificazione con il Presidente (Sylar sotto mentite spoglie). Tra questi ci sono anche Matt, una Claire dai capelli scuri e un uomo di nome Andy, un texano dal cuore d'oro.

Jessica e D.L. scoprono qualcosa riguardo ciò che Linderman vuole da loro. Sylar si riunisce con sua madre. Hiro si rende conto di cosa significhi uccidere un essere umano. Intanto Angela Petrelli prova a convincere Nathan a seguire il piano di Linderman. Peter cerca di dare una prova a Claire del fatto che entrambi sono predestinati a salvare New York. Appare un nuovo eroe che potrebbe avere la chiave per fermare Sylar.

Angela Petrelli è costretta ad avere un ruolo importante nelle vite di Nathan, Peter e Claire. Finalmente viene rivelata la verità riguardo la morte del padre dei fratelli Petrelli. Nathan scopre che ha la chance di diventare molto più di un semplice membro del Congresso. Qualcuno prova a lasciare New York, dal momento che il giorno delle elezioni è vicino. Mr. Bennet e Matt scoprono un altro sorprendente segreto. Sylar mangia il cervello di un altro supereroe. Il papà di Hiro ritorna.