Sean Walker si imbatte in una cospirazione a livello nazionale mentre indaga sulla misteriosa scomparsa della sua ragazza durante una crociera ai Caraibi. Nel frattempo il Presidente degli Stati Uniti si appresta ad annunciare in conferenza stampa il rilascio di alcuni prigionieri, nonostante la disapprovazione del direttore dell'Intelligence.

Superato lo schock del fallito attentato ai suoi danni, il Presidente Martinez deve mettersi al lavoro insieme al suo staff per capire cosa sia successo e prendere i giusti provvedimenti. Il direttore dell'Intelligence nazionale decide di prendere in mano le operazioni imprigionando Sophia e sottoponendola ad interrogatorio.

Il Presidente Martinez e il suo staff elaborano una nuova strategia per costringere Sophia a rivelare i piani segreti del suo gruppo. Nel frattempo scopriamo le intenzioni di Carter e Vicky, mentre l'agente dell'FBI Collier cerca di far luce sulla strana storia raccontata da Sean.

La Casa Bianca è allarmata dalla notizia di una minaccia terroristica. L'unica soluzione è convincere Sophia a rivelare tutto ciò che sa sulla sua gente. Nel frattempo Vicky e Carter continuano a tenere Leila in ostaggio e ad attendere istruzioni.

La minaccia terroristica si fa sempre più vicina e le cose si fanno ancora più complicate dalla difficoltà riscontrata da parte della Casa Bianca nelle negoziazioni con Thomas. Nel frattempo l'agente dell'FBI Collier e Sean riescono a rintracciare i rapitori di Leila.

Il Presidente Martinez e il direttore dell'intelligence Blake Sterling rispettano i patti con Thomas, ma dopo che qualcosa del loro piano va storto iniziano a sospettare che negli uffici presidenziali ci sia una talpa. Nel frattempo Sean cerca indizi in casa di Leila.

Il Presidente Martinez ordina al direttore della National Intelligence di scovare la talpa che ha fatto saltare il piano per arrestare Thomas. Sophia riprende le redini del suo gruppo e istruisce gli altri detenuti per la prossima tappa della loro missione.

Il Presidente Martinez, furioso dopo i fallimenti del suo reparto di sicurezza, chiede un pronto riscatto al direttore delle Intelligence Sterling. Nel frattempo Dempsey affida una nuova missione clandestina a Vicky, mentre Sean viene colpito da un proiettile.

Sophia e Thomas cercano di convincere la propria gente a tornare a casa, ma non tutti sembrano d'accordo. Nel frattempo Sean e Leila scoprono che i rapitori di Samantha hanno anche preso altre bambine: decidono allora di andare dai genitori di una di queste nella speranza di trovare qualche indizio.

Il Presidente Martinez si confronta con la talpa nella sua amministrazione ma riceve anche delle minacce. Nonostante abbia testato la lealtà di Thomas e Isabel, Sophia ha ancora dei dubbi che i due stiano tramando qualcosa e per questo manda Lee ad indagare.

La Casa Bianca scopre che il messaggio inviato da Thomas non è altro che una chiamata ai compagni per raggiungere la Terra. Sean e Leila proseguono la ricerca della sorella della ragazza e fanno un'inquietante scoperta su suo padre.

Sterling rimane intrappolato nella base in Alaska, braccato dagli uomini di Thomas che hanno ordine di ucciderlo. Nel frattempo Thomas libera i prigionieri della base chiedendo loro di lasciar cadere la fedeltà verso Sophia.

Il Presidente Martinez è stufo di non ottenere risultati e minaccia di fare piazza pulita tra il suo staff pur di fermare Thomas. Nel frattempo Sean fa un'ultima visita alla sorella, con l'intenzione di prepararsi a lasciare il paese e mettersi tutta la storia alle spalle.

Thomas chiama a raccolta i compagni per rivelare il contenuto di un messaggio che cambia tutti i piani precedenti. Il Presidente ha un faccia a faccia con il vicepresidente, tornato in carica dopo le rivelazioni sul complotto ai danni della presidenza.

Il Presidente Martinez e la sua squadra riescono ad accerchiare gli Sleeper, ma le negoziazioni si fermano quando Sophia provoca un disastro di portata nazionale. Nel frattempo Vicky e Sean continuano la loro missione, avvicinandosi sempre di più alla verità.

Sophia e il resto degli Sleepers devono fare i conti con ingenti perdite in seguito al fallimento delle negoziazioni con la Casa Bianca. Dopo aver visto la reazione di Lee agli ultimi eventi, Sterling inizia a sospettare di lui e ordina un test per verificare che non sia una talpa.

Il Vicepresidente Jarvis rende pubblica la sua mancanza di fiducia nel Presidente e si appresta ad appoggiare un suo avversario. Dopo aver assistito ad una serie di ingiustizie perpetrate dagli Sleeper, Leila inizia a chiedersi da che parte stare.

Il Vicepresidente Jarvis continua a seguire le istruzioni di Sophia per diventare il nuovo presidente degli Stati Uniti, attentando alla vita di Eli. Gli eventi che seguono portano Sterling e il Direttore del personale a guardarsi intorno alla ricerca del colpevole.

Il vicepresidente Jarvis prende ufficialmente la carica del Presidente Martinez, che lotta tra la vita e la morte in una stanza d'ospedale. Il direttore Sterling però è ancora convinto che ci sia lui dietro all'attentato al Presidente e cerca di smascherarlo.

Simon, fuggito dalla città degli Sleeper e in possesso dell'antidoto per il Presidente, prende contatto con Sterling, mentre Jarvis cerca in tutti i modi di fermarli. Nel frattempo Sean e Vicky proseguono nel tentativo di fermare l'attacco biologico degli Sleeper.

Sophia inizia ad avere dubbi sul proprio piano e quindi sull'uccisione di tutti gli esseri umani del pianeta. Nel frattempo il presidente Martinez si risveglia dal coma e riprende il comando delle operazioni alla Casa Bianca.