Benjamin Sisko prende il comando della base stellare bajorana Deep Space Nine, da poco abbandonata dall'Impero Cardassiano. La sua scoperto di un buco temporale controllato da alieni indipendenti dal tempo, considerati dai Bajorani come divinità, attribuisce a Sisko lo status di Emissario.

Il capitano Sisko cerca di stabilire una relazione con l'anomalia spazio-temporale con cui è venuto in contatto e soprattutto con i potenti alieni che la controllano. La posizione della base spaziale vicino al buco temporale è di fondamentale importanza.

Un vecchio collega della resistenza bajoriana sorprende Kira quando chiede alla Deep Space Nine asilo politico. Nel frattempo arrivano anche due banditi Klingon che aumentano ancor di più la confusione a bordo della base spaziale.

Odo, il responsabile della sicurezza, è sospettato di omicidio quando un visitatore viene trovato assassinato nella base spaziale in una stanza olografica di Quark. Il motivo è che la vittima è un Bajoriano che era stato già arrestato in precedenza da Odo.

L'equipaggio della Deep Space Nine viene contagiato da uno strano virus che rende impossibile la comunicazione: tutti infatti iniziano a parlare in modo incomprensibile. Kira cerca di evitare la diffusione del virus sfruttando le sue vecchie conoscenze della resistenza.

O'Brien diventa amico di un alieno, di nome Tosk, che appartiene a una razza che è destinata a essere cacciata da un'altra specie aliena, in una sorta di sport crudele e sanguinario. Per questo motivo cerca di aiutarlo.

Q e Vash arrivano sulla Deep Space Nine, ma questa volta le abilità di Q vengono messe in ombra dalla ex fiamma di Picard che ha portato a bordo molti oggetti, tra i quali ce n'è uno che potrebbe distruggere l'intera base spaziale.

Dax viene rapita e successivamente sottoposta a un processo affrettato e forzato per essere giudicata per un crimine commesso 30 anni prima. Il vero responsabile era però uno dei suoi ospiti trill, un anziano di nome Curzon Dax.

E' in atto un piano per il dirottamento della stazione spaziale e l'equipaggio lavora senza sosta per impedirlo. Le cose sono però piuttosto complicate dal momento che un criminale alieno nasconde la sua coscienza nel cervello di uno dei membri dell'equipaggio.

Quark viene sorpreso mentre tenta di truffare un gruppo di visitatori alieni. Per questo motivo viene punito e viene costretto a prestarsi per un gioco alieno nel quale i membri dell'equipaggio della DS9 sono le pedine.

Quark diventa leader supremo dell'impero finanziario dei Ferengi perché il Gran Nogus ha deciso di andare in pensione. Presto però scopre che la vita del Nogus, uno degli uomini più importanti per la sua specie, ha anche qualche svantaggio: ad esempio gli assassini che attentano alla sua vita.

Odo riesce ad arrestare un criminale del Quadrante Gamma che però gli fa un'offerta interessante: egli è infatti in grado di metterlo in contatto con altri "cambianti" come lui che si trovano dall'altra parte del buco spaziale.

Sisko, Kira, Bashir e Kai Opaka arrivano su un pianeta che è dilaniato dalla guerra. Gli abitanti sono portati a scontrarsi l'uno contro l'altro incessantemente perché non possono morire né andarsene. Lì Kai Opaka scoprirà il suo destino.

O'Brien viene nominato guida spirituale di un popolo bajoriano dopo che lui e Bashir non sono stati in grado di salvare la guida spirituale in carica. Il compito di O'Brien diventa quindi quello di difendere il villaggio da una misteriosa forza distruttrice.

Kira Nerys viene incaricata di trasferire dei coloni da una luna di Bajor prima di un'operazione mineraria. Un testardo agricoltore bajoriano la costringe a riconoscere il cambiamento nel suo carattere rispetto a quando faceva parte della resistenza.

Le persone a bordo della Deep Space Nine vedono tutte le loro fantasie e i loro desideri trasformarsi in realtà. Gli strani eventi sembrano essere stati causati dall'arrivo di tre insoliti visitatori e soprattutto potrebbero avere conseguenze catastrofiche.

Lwaxana Troi fa visita alla stazione Deep Space Nine e ben presto si innamora di Odo. Subito dopo il computer di bordo inizia a comportarsi come un bambino in cerca continua di attenzioni, rendendo le cose molto più difficili.

Odo si ritrova da solo in mezzo a due opposte fazioni, quando una forza divide l'equipaggio della stazione in due fazioni, facendo combattere Kira Nerys contro Benjamin Sisko.

Un Cardassiano in visita sulla Deep Space Nine potrebbe essere un criminale di guerra. La scoperta viene fatta grazie ad una malattia rara, ma le indagini che vengono condotte in seguito portano a galla alcune sorprendenti verità.