Tigh, Tyrol e Anders guidano la Resistenza su New Caprica ai continui attacchi da parte dei Cycloni. Kara nel frattempo si sente intrappolata nella sua nuova vita con Leoben Conoy, mentre Duck deve prendere una difficile decisione.

Adama ha in mente di tornare su New Caprica e di mettere una persona inaspettata a tessere le relazione tra il Galactica e la Resistenza. Tigh nel frattempo insiste sulla necessità di utilizzare degli uomini-bomba suicidi.

Sharon aiuta la Resistenza su New Caprica mentre Adama è impegnato nel guidare il Galactica in una rischiosa missione. Nel frattempo, Tyrol fa una corsa contro il tempo per riuscire a salvare Cally dall'esecuzione sommaria.

Tigh deve decidere sulla sorte di sua moglie, dopo che essa ha prestato aiuto ai Cycloni. Lee è invece alle prese con la sua missione con l'obbiettivo di proteggere i civili della flotta, mentre Adama torna dalla Terra con solo il Galactica.

Tylor entra a far parte del "Circolo", un tribunale segreto sul Galactica incaricato di decidere la sorte di coloro che hanno collaborato con i Cycloni. Allo stesso tempo, Baltar si trova ad affrontare un giudizio davanti a un tribunale simile dei Cycloni.

I sentimenti di odio e rabbia portano Tigh e Kara a causare qualche tensione a bordo del Galactica tra i sopravvissuti di New Caprica e coloro che invece durante l'Occupazione hanno fatto parte della Flotta.

Apollo escogita un piano che può mettere a repentaglio la stessa esistenza della cultura dei Cycloni. Adama e Roslin sono chiamati a decidere se seguire il piano e metterlo in pratica usando contro i nemici un'arma biologica.

Una figura appartenente al passato di Adama ritorna a tormentarlo. Questo ritorno fa crescere in lui alcune domande sul motivo vero che ha spinto i Cycloni ad attaccare inizialmente le Dodici Colonie.

Adama decide di organizzare un torneo di Boxe a bordo del Galactica per aiutare l'equipaggio a svagarsi. Nonostante questo, la tensione è al culmine durante il match che vede per protagonisti Kara e Lee che hanno qualche conto in sospeso.

La Flotta Coloniale si trova a dover affrontare la fame, visto che le macchine che forniscono il cibo vengono contaminate. In questo contesto, Kat riveste un ruolo fondamentale per il successo del "Passaggio" attraverso lo spazio.

Tyrol scopre un Tempio dove potrebbe essere custodito l'Occhio di Giove, che si pensa possa condurre alla Terra. Per questo motivo, i Cycloni sono molto interessati alla scoperta. Nel frattempo, Athena scopre che suo figlio potrebbe essere ancora vivo.

La tregua con i Cycloni sembra essere sul punto di spezzarsi, quando da un'astrobase partono cinque velivoli diretti al pianeta e, allo stesso tempo, Adama ordina di armare le testate nucleari per l'attacco.

Tornato a bordo del Galactica, Baltar deve fronteggiare le pesanti accuse di tradimento. Egli contempla anche l'ipotesi di suicidarsi con l'aiuto di Numero 6. Rimane però ancora qualche dubbio sulla sua reale identità.

I Saggitariani accusano un medico di discriminazione nei loro confronti. Helo indaga sul caso, e man mano che procede scopre che addirittura il medico potrebbe aver ucciso di proposito i suoi pazienti. Nel frattempo, Athena decide di portare sua figlia dal dottore.

Adama, nel giorno dell'anniversario del suo matrimonio, ripercorre i momenti trascorsi con l'amata Carolanne; in un'altra parte della nave, invece, Tyrol e Cally rimangono intrappolati a causa di un piccolo malfunzionamento.

A causa di problemi di rifornimento e carburanti, Tyrol viene inviato sulla nave raffineria per riorganizzare il lavoro. Dopo l'ennesimo incidente sul lavoro, egli, memore della sua esperienza come sindacalista, organizza uno sciopero generale.

Kara continua a fare sogni in cui c'è Leoben Conoy e soprattutto il diadema che ha dipinto nel suo vecchio appartamento su Caprica. Dopo essere stata in missione, continua ad avere visioni anche sul Galactica.

Quando i rappresentanti legali di Baltar subiscono un agguato che aveva lo scopo di eliminarli, Adama chiede a Lee di proteggere gli avvocati. Dopo aver assunto l'incarico, Lee cerca di avere un ruolo attivo nella difesa di Baltar.

La testimonianza di Baltar al processo che lo riguarda rischia di mettere a rischio la stabilità dell'intera Flotta. Le conseguenze della testimonianza colpiranno tutti, a partire da Lee fino al presidente.