Il colonnello Tight prende il controllo del Galactica a causa delle gravi condizioni di Adama. Un attacco da parte dei Cycloni costringe la nave a una manovra di emergenza che però, a causa di un errore di calcolo, la isola dal resto della flotta.

Il Galactica riesce finalmente a riunirsi al resto della flotta, ma i Cycloni sono ancora a bordo. Tight ordina a Lee di fermare i Centurioni prima che causino danni alla nave. Nel frattempo, Scorpion e Helo visitano il suo vecchio appartamento su Caprica.

Mentre Adama si trova ancora in sala operatoria, gli uomini e le donne di Kobol cercano un modo per risolvere la loro disperata situazione. Nel frattempo, sul Galactica, il presidente Roslin ha qualche problema.

La legge marziale ha pessime conseguenze sul Galactica, visto che le altre navi si rifiutano di rifornirla. Un ufficiale viene arrestato col sospetto di essere in realtà un Cyclone e spetta a Gaius Baltar provarne l'innocenza.

Adama torna al comando della nave e ordina di trovare informazioni per localizzare il Presidente; potrebbe però essere già troppo tardi. Scorpion nel frattempo è ancora a Caprica, dove è stato colpito e si trova in cura presso un ospedale.

La fragile coalizione che sostiene il Presidente Roslin viene messa a dura prova, mentre Adama deve ancora fare i conti con il tradimento del figlio. Scorpion, Helo e Boomer intanto sono tornati da Caprica e hanno un nuovo obiettivo.

Adama decide di recarsi a Kobol per trovare Roslin, radunando tutta la flotta e tutti i suoi uomini. Il partito del Presidente è infatti alla ricerca della tomba di Athena, che dovrebbe permettere di tornare sulla Terra.

Una giornalista, D'Anna Biers, viene invitata sul Galactica da Adama e Roslin per fare un reportage sulla dura vita dell'equipaggio in tempo di guerra. La giornalista finisce per fare un pezzo sull'incidente di Gideon.

Sharon avvisa Adama che il Galactica è stata infettata da un virus informatico che mette a repentaglio le funzioni basilari della nave e individua le sue debolezze. Tutto questo avviene alla vigilia di un attacco da parte dei Cycloni e mette ancor più pressione sul Capitano.

Il Galactica incontra un'altra nave Coloniale, la Pegasus, ma l'entusiasmo dell'incontro svanisce in fretta quando il capitano della nave sorpassa di grado Adama. Inoltre, le celebrazioni si trasformano in tensione quando Baltar incontra un Cyclone dall'aria familiare tenuto prigioniero sulla Pegasus.

Kara arriva con delle foto che ritraggono una misteriosa nave dei Cycloni. Inoltre, malgrado sia in atto una tregua tra Adama e Caine, il Presidente Roslin non si fida e pensa che si debba usare la mano ferma con quest'ultimo.

Il Galactica e il Pegasus si preparano per sferrare un attacco congiunto contro l'astronave dei Cycloni Resurrection. Adama affida a Kara una difficile missione da portare a termine e Lee si dice disposto ad aiutare.

Il Presidente Roslin si avvicina sempre di più alla morte e pensa inoltre che il bambino di Sharon sia pericoloso, al punto che ordina di ucciderlo. Nel frattempo, un gruppo terroristico all'interno della flotta inizia a chiedere che si faccia un trattato di pace coi Cycloni.

Il nuovo comandante del Pegasus, Jack Fisk, viene ucciso per mano di un gruppo di contrabbandieri del mercato nero. Lee Adama viene incaricato di condurre le indagini sul crimine, mentre Roslin cerca di eliminare il mercato nero introducendo nuove regole per il commercio.

Un Raider Cyclon fuori controllo continua ad attaccare la flotta coloniale in una serie di attacchi lampo. I piloti della Viper, già sovraccarichi di lavoro, devono cercare di difendere da questi attacchi un progetto chiamato "Scar".

Una donna prende numerosi ostaggi sulla Cloud Nine e chiede ad Adama che consegni Sharon, in modo da vendicare la morte di suo marito. Se le sue richieste non verranno soddisfatte, minaccia di uccidere gli ostaggi.

Due dei predatori della Pegasus scompaiono dopo una sospetta chiamata d'aiuto. Il nuovo comandante della Pegasus è sempre più instabile, mentre il Presidente Roslin deve prendere una decisione che potrebbe mettere a rischio la sua carriera.

Dopo che la coscienza di Boomer viene trasfusa in un nuovo corpo dopo la sua morte, quest'ultima deve fare i conti con la sua nuova vita sul pianeta Caprica, occupato dai Cycloni. Numero 6 viene incaricata di aiutarla ad abituarsi al suo nuovo ruolo sociale.

Tyrol viene perseguitato da terribili incubi e cerca aiuto rivolgendosi ad un prete. Nel frattempo, Kara è a capo di una missione di salvataggio su Caprica, mentre Roslin e Baltar si affrontano in un testa a testa in un dibattito per la presidenza.