Con tutto l'equipaggio bloccato su un pianeta estraneo e con l'astronave controllata dai Kazon, è compito del Dottore, di Tom Paris e di Lon Suder tentare di riprendere il controllo della Voyager e di salvare i compagni.

Dopo essersi ammalato di quello che sembra essere un problema di memoria repressa, Tuvok è costretto a unire la sua mente a quella del capitano Janeway per poter sopravvivere. Questo riporta Tuvok ai tempi in cui serviva come ufficiale sulla USS Excelsior capitanata da Hikaru Sulu.

Paris e Kim vengono imprigionati in un carcere Akritiano dopo essere stati accusati di terrorismo. Quando l'equipaggio della Voyager scopre che i due sono stati già processati e condannati, inizia una caccia ai veri criminali.

L'equipaggio della Voyager deve trovare il modo di attraversare una regione di spazio controllata da una razza aliena ostile senza essere rintracciati. Nel frattempo, Kes e Torres devono lavorare per salvare Il Dottore, visto che un malfunzionamento al suo programma gli provoca la perdita di memoria.

La Voyager scopre una coppia di Ferengi, arrivati nel Quadrante Delta attraverso un tunnel spaziale, che si mascherano da divinità agli occhi di un popolo primitivo. L'equipaggio cerca di mettere fine a questo comportamento e, allo stesso tempo, cerca di usare lo stesso tunnel spaziale per tornare a casa.

Dopo che la Voyager si è imbattuta in una specie aliena con forti poteri telepatici, B'Elanna comincia a fare strani sogni in cui vive la vita di una donna e del suo amante in un epoca di cambiamenti politici e sociali.

Kes si introduce accidentalmente in un santuario religioso dove viene assalita e pressoché uccisa da una strana fonte di energia. Tornata sulla Voyager, sembra non ci sia nulla da fare per salvare la sua vita, ma il capitano Janeway vuole fare un ultimo tentativo parlando direttamente agli spiriti.

La Voyager viene portata indietro nel tempo sulla Terra alla fine del 20emo secolo. Con lei anche una nave temporale della Federazione, che precipita in Arizona nel 1960. La Voyager viene invece avvistata in orbita attorno alla Terra nel 1996.

L'equipaggio della Voyager deve trovare il modo di fermare Starling, prima che il suo tentativo di usare la macchina del tempo porti alla distruzione del Sistema Solare. Nel frattempo, mentre cercano di portare in salvo Paris e Tuvok, Torres e Chakotay vengono fatti prigionieri.

Un alieno ferito di nome Tieran< trasferisce la sua coscienza in Kes un attimo prima di morire. Egli riesce quindi a prendere il controllo della donna e di usarla per rubare una navicella spaziale per tornare sul suo pianeta d'origine.

La Voyager incontra in poco spazio una serie di supernova. Presto appare anche Q che spiega che esse sono la conseguenza di una guerra scatenatasi all'interno del Q-Continuum. Egli pensa inoltre che la soluzione sia quella di avere un figlio e ha scelto come compagna il capitano Janeway.

Janeway e Neelix tornano da una missione e trovano la Voyager alla deriva nello spazio con l'equipaggio in pessime condizioni. Presto essi scoprono che la nave è stata attaccata da una forma di vita virale che sta crescendo in dimensioni.

La Voyager si imbatte in una regione di spazio chiamata Espansione Necrotica. Neelix non ha più conoscenze dello spazio oltre questo punto, per cui cerca di rendersi utile ottenendo una mappa da un vecchio amico.

Kim chiede a Tuvok di insegnargli le tecniche vulcaniane di controllo delle emozioni perché si è innamorato di un personaggio del ponte ologrammi di nome Marayna. Ma presto diventa geloso quando quest'ultima dimostra interesse in Tuvok.

Il capitano Janeway continua a morire dopo essere precipitata su un pianeta con Chakotay che sembra essere in un circolo temporale. Ad un tratto, appare anche il padre del capitano che dice a Janeway di rassegnarsi al suo destino.

Vorik esprime il suo desiderio di far coppia con B'Elanna durante il suo Pon-Farr. Dopo aver discusso della questione, anche B'Elanna comincia a mostrare dei segni nel suo comportamento del Pon-Farr.

Chakotay risponde a una chiamata di soccorso e scopre una varietà di specie aliene provenienti dal Quadrante Alfa e che vivono tutte su un pianeta in conflitto. Egli scopre poi che si tratta di Borg disassemblati.

Il Dottore cerca di migliorare il suo programma inserendo in esso alcuni tratti appartenenti a celebri personaggi della storia. Ben presto però si rende conto che prevale il lato oscuro delle loro personalità.

Mentre si trova in missione su un pianeta per portare aiuto visto che è stato bombardato dagli asteroidi, Neelix escogita un pericoloso piano per potersi rimettere in contatto con la Voyager. Inoltre la poca confidenza di Tuvok nei suoi confronti aggrava le cose.

Harry Kim avverte più volte un senso di deja vu quando l'astronave si trova ad attraversare una regione sconosciuto di spazio. Presto scopre che in realtà si tratta della regione da cui proviene ed è l'occasione per scoprire di più sul suo passato.

Kes comincia a viaggiare indietro nel tempo a partire dal momento della sua morte. Ogni volta che torna indietro arriva sempre più vicina a una soluzione, ma ringiovanisce ogni volta di un anno in più.

Il Dottore decide di creare una famiglia olografica in modo da migliorare ed espandere sé stesso. Quando però B'Elanna è disgustata dalla perfezione della famiglia, essa decide di inserire nel programma degli eventi tipici della vita reale che complicano le cose.

Un paleontologo alieno scopre un collegamento antico tra la sua razza e gli umani. Secondo lui, questo proverebbe che il suo popolo si è evoluto sulla Terra ed è poi migrato nel Quadrante Delta milioni di anni fa. Il suo Governo però lo ostacola.

Uno ad uno, numerosi membri dell'equipaggio della Voyager sono dati per dispersi e al loro posto arrivano degli sconosciuti che dicono di non avere idea di come sono arrivati là. Ben presto gli sconosciuti diventano maggioranza e prendono il controllo della nave.

Una storia olografica viene rintracciata nella banca dati del computer. In questa storia immaginaria Chakotay guida un ammutinamento Maquis sulla Voyager. Poco dopo Paris e Tuvok scoprono che il programma è stato alterato...