Sisko cerca di fare pace con il Dominio nel Quadrante Gamma, ma i suoi tentativi falliscono quando la Defiant viene colpita e messa fuori uso. Intanto Kira si ritrova su una navicella con Odo a vagare nello spazio. Quest'ultimo è spinto a esplorare la nebulosa Omarion.

Sisko scopre che la Federazione è in trattative con il Dominio per ottenere la pace, lasciando Bajor nelle loro mani, ma presto intuisce che le cose potrebbero non essere come sembrano. Intanto Odo scopre di essere uno dei 100 ragazzi mandati in esplorazione dello spazio e che non era destinato a tornare a casa prima di 300 anni.

Quando Quark decide di mentire a proposito dell'uccisione di un Klingon, la vedova di quest'ultimo, Grilka, lo costringe di conseguenza a sposarla. Non solo, Quark è poi costretto ad affrontare in duello il fratello del Klingon deceduto.

Quando Dax comincia a soffrire di alcuni disturbi, essa viene trasportata sul paese natale dei Trill per essere curata. Lì scopre un segreto che riguarda uno dei suoi ospiti che tra l'altro non sapeva di avere mai avuto.

Kira viene rapita e trasformata in modo da assomigliare a una Cardassiana. Lo scopo del piano è quello di ingannare un politico cardassiano e alla donna viene fatto credere di essere una spia che ha lavorato sotto copertura per 10 anni.

Un bambino alieno portato a bordo della Deep Space Nine si rivela essere un Jem'Hadar bambino che crescendo assumerà un comportamento estremamente violento. La Flotta Stellare lo vorrebbe per effettuare alcune analisi, ma Odo si oppone cercando di proteggerlo.

Tutto l'equipaggio della Deep Space Nine si trova impegnato nel tentativo di disinnescare un meccanismo di distruzione prima che sia troppo tardi. Esso è stato attivato a causa di un errore in un programma di sicurezza.

Dax si innamora di uno scienziato di Meridian; il problema è che il suo pianeta e la sua razza continuano a vagare tra questo universo e un piano di sola energia, per cui lo potrà vedere una volta ogni cento anni. Sulla DS9 intanto Odo cerca di ottenere un immagine di Kira per un programma olografico erotico.

Thomas Riker si presenta sulla Deep Space Nine come William Riker; Sisko però si rende conto che si tratta di un duplicato solo quando l'uomo ruba la navicella Defiant per portarla ai Maquis, di cui egli fa parte.

La pericolosa febbre Zanthi comincia a diffondersi sulla base spaziale proprio quando Lwaxana Troi è arrivata a fare visita all'equipaggio. Le conseguenze del virus sono il riemergere di desideri nascosti che portano al formarsi di strane relazioni.

Un incidente durante un trasporto fa sì che Dax, Sisko e Bashir vengano mandati indietro nel tempo fino all'anno 2024, quando San Francisco era teatro di rivolte e scontri sociali. Sisko e Bashir vengono condotti in un campo per senza tetto, mentre un ricco uomo d'affari si prende cura di Dax.

Sisko, Bashir e Dax sono ancora intrappolati nel passato e per ritornare nel presente il capitano deve immedesimarsi in Gabriel Bell, un eroe entrato nella storia del pianeta Terra che però ha causato anche numerose vittime.

Vedek Bareil, mentre si trova impegnato in alcuni importanti negoziati, viene ferito gravemente. L'unico modo per tenerlo in vita abbastanza a lungo da portare a termine la missione è sottoporlo a un intervento che lo renderà mezzo uomo e mezzo robot.

Mentre si trova sulle tracce di un Maquis su una luna deserta, Kira viene intrappolata da una formazione cristallina. Questa continua a espandersi rapidamente minacciando la vita dell'ufficiale della Deep Space Nine.

Una profezia bajoriana sembra essere sul punto di avverarsi quando una cometa minaccia di distruggere il tunnel spaziale bajoriano. Sisko si trova in una situazione difficile perché ha autorizzato una missione scientifica al suo interno.

Il Grand Nagus Zek fa una scioccante rivelazione a Rom e Quark: egli ha deciso di rivedere le regole di Acquisizione dei Ferengi. Questa scelta potrebbe mettere in seria discussione l'impero Ferengi.

O'Brien viene esposto a una minima quantità di radiazioni, ma queste gli permettono di viaggiare nel tempo andando qualche ora nel futuro. Questo gli consenti di assistere alla distruzione della Deep Space Nine e alla sua stessa morte.

Bashir viene reso incosciente e intrappolato nei suoi pensieri in seguito ad un attacco alieno. In questa condizione egli ha la possibilità di indagare tutti gli aspetti della sua personalità, ciascuno dei quali è rappresentato da un membro dell'equipaggio.

Sisko viene catturato dall'O'Brien dell'universo parallelo e per riuscire a sopravvivere deve fingere di essere il Sisko di quell'universo. La sua missione è quella di ribellarsi all'Alleanza Klingon-Cardassiana.

Un attentato alla vita di Garak fallisce e successivamente muore anche il principale sospettato. Tutto questo rivela un complicato piano che coinvolge diverse persone tra cui c'è anche il vecchio mentore di Garak.

Garak si trova in una posizione difficile quando deve decidere se uccidere o meno Odo per ingraziarsi il suo vecchio mentore, alla vigilia di un attacco congiunto dei Romulani e dei Cardassiani ai danni del Dominio.

Sisko e suo figlio Jake cercano di costruire un vascello solare con lo scopo di riprodurre il viaggio compiuto da un Bajoriano nel passato. Intanto Bashir incontra un vecchio rivale dei tempi della scuola.

La scoperta che la madre di Quark, Ishka, ha violato la legge dei Ferengi traendo profitto da uno scambio commerciale segreto potrebbe avere gravi conseguenze anche sul figlio: egli infatti rischia di perdere tutto ciò che ha.

Kai Winn chiede a Kira di negoziare con il capo degli agricoltori per risolvere una disputa su alcuni macchinari agricoli. Kira incontra in questa occasione Shakaar che era il capo della sua cellula di resistenza.

Dax è felice di dar luogo a un tipico rituale dei Trill, incontrando ciascuno dei suoi passati "ospiti" trasferendo i suoi ricordi agli altri membri dell'equipaggio. Tuttavia, non tutto fila liscio, soprattutto quando si tratta di Odo.