Diversi mesi dopo la resa della stazione Deep Space Nine al Dominio, la Federazione è sul punto di perdere la guerra. Il capitano Sisko è stato sollevato dal comando della Defiant e messo a capo della nave da guerra dei Jem'Hadar trovata qualche tempo dopo.

La nave Jem'Hadar capitanata da Sisko e già danneggiata precipita su un pianeta; durante l'incidente Dax viene ferita gravemente, ma tenuta in vita da Bashir. Lì incontrano un gruppo di Jem'Hadar, anche loro precipitati, che decidono di portarli dal loro leader, anch'esso ferito.

Worf deve aiutare suo figlio Alexander a diventare un vero guerriero Klingon quando egli si trova impegnato su una pattuglia del Dominio. Intanto, il figlio di Gul Dukat torna sulla DS9 dopo aver frequentato la scuola di Bajor.

Sisko riceve una promozione e Dax viene promossa al comando della Defiant e le viene affidata un'importante missione contro il Dominio. Nel frattempo, sulla DS9, che ora si chiama Terok Nor, Kira deve trovare un modo per impedire che il campo minato del tunnel spaziale venga disattivato.

Sisko si imbarca in una missione quasi-suicida quando decide di mettere assieme una piccola flotta per andare in missione con l'obiettivo di riprendere la Deep Space Nine. Nel frattempo Rom viene condannato a morte.

Sisko si trova a dover fronteggiare migliaia di navi del Dominio nel suo tentativo di riprendere la base spaziale. Intanto sulla DS9 Jake, Kira e Leeta sono sospettati di aver ostacolato i tentativi di disattivare il campo minato e vengono per questo interrogati.

Il matrimonio tra Worf e Dax viene minacciato dalla moglie di Martok, che non ritiene Dax la benvenuta nel casato di Martok. Le cose non si mettono bene perché sembra proprio che Dax non abbia intenzione di andare d'accordo con la donna.

Bareil, dall'universo parallelo, vuole rubare ai Bajoriani la sfera della Profezia e del Cambiamento. Le cose si fanno complicate quando Kira si innamora di lui che nell'universo parallelo è un ladro, ma che qua sembra comportarsi in modo diverso.

Bashir viene chiamato ad aiutare un gruppo di persone superiori alla media perché geneticamente migliorate, favorendo il loro inserimento nella società. Presto essi vengono chiamati ad analizzare la proposta di un trattato del Dominio e a prevederne le conseguenze.

La madre di Quark viene catturata dal Dominio e egli si mette d'accordo per uno scambio tra lei e un Vorta che è prigioniero della Federazione. Tutto sembra andare per il meglio fin quando il Vorta non viene ucciso.

Mentre si sta dirigendo alla deposizione per crimini di guerra di Gul Dukat, la nave su cui viaggia con Sisko viene attaccata e i due precipitano su un pianeta. Lì Dukat comincia ad avere allucinazioni di persone che gli ordinano di uccidere il capitano.

Viene annunciata la morte di Morn e tutta la sua proprietà viene lasciata a Quark. Tuttavia quest'ultimo, per ottenere l'eredità che gli spetta, deve imbattersi nella fitta rete di bugie e imbrogli che Morn ha intessuto per ottenere tutta quella ricchezza.

Sisko ha una visione di sé e dei suoi colleghi nei panni di un autore di fantascienza del 1950 sulla Terra. Tale autore di colore lotta contro le discriminazioni ed è sottovalutato dalla maggioranza delle persone.

Prendendo una Runabout che è stata ridotta alle minime dimensioni da un fenomeno subspaziale, Dax, O'Brien e Bashir cercano di riprendere il controllo della nave Defiant che è caduta nelle mani dei Jem'Hadar.

O'Brien viene inviato in missione come infiltrato nel Sindacato d'Orione per scoprire chi sia la talpa della Federazione che passa loro le informazioni. La sua missione lo porta a scoprire il coinvolgimento del Dominio e un piano complicato.

Worf si trova davanti a una difficile scelta: salvare la vita di sua moglie Jadzia oppure portare a termine la missione al quale è stato assegnato, quando i due devono trovare un Cardassiano che ha richiesto il loro aiuto.

Dopo aver parlato con Gul Dukat, Kira decide di usare la sfera del Tempo bajoriana per poter viaggiare nel tempo e per scoprire la verità su sua madre dopo le sconvolgenti rivelazioni del suo collega.

Bashir viene improvvisamente sospettato e messo sotto accusa di passare informazioni al Dominio e di fare quindi il doppio gioco. Tuttavia, come spesso accade, le cose non sono esattamente come sembrano...

Sisko dice a Garak di costruire false prove che dimostrino le intenzioni del Dominio di invadere Romulus perché vuole allearsi coi Romulani per vincere la guerra. Purtroppo, però, il senatore destinatario delle prove non si fa ingannare.

Odo decide di usare il personaggio olografico di Bashir, Vic Fontaine, ossia un cantante degli anni '60 che dà a tutti consigli d'amore, con lo scopo di avvicinarsi sempre di più a Kira e conquistarla definitivamente.

Una profezia trovata su una stele annuncia che i Profeti bajoriani si scontreranno in battaglia con i Pah-Wraith per il futuro di Bajor. La battaglia verrà combattuta sulla Deep Space Nine usando i corpi di Kira e Jake.

Nog e Jake vengono salvati dalla nave Valiant dopo che la loro navicella spaziale è stata attaccata dal Dominio. A bordo della Valiant ci sono alcune truppe della Flotta Stellare che decidono in ogni caso di portare a termine la missione, anche se Jake la giudica suicida.

Grazie al suo rapporto con Quark e con la madre di Rom, il Grand Nagus Zek annuncia che concederà pari dignità alle donne per il suo popolo. Quando poi Ishka ha un malore, per salvare la situazione Quark è costretto a travestirsi da donna.

Mentre si trovano su un pianeta per un pic-nic in famiglia, Keiko e Miles O'Brien perdono Molly che cade accidentalmente in un vortice temporale che la riporta indietro di 300 anni. Quando la recuperano, per un errore di calcolo, la ragazzina ha 18 anni.

La Defiant riceve una chiamata di soccorso e si mettono in contatto col Capitano Lisa Cusack, di cui però possono sentire solo la voce via radio. Le medicine che tengono in vita Cusack sono limitate e per questo l'equipaggio cerca di raggiungerla in tempo.