Tre mesi dopo che il tunnel spaziale è stato violato e che la sfera Bajoriana è diventata inutile, Sisko riceve una visione dai Profeti in cui vede l'immagine di una donna sepolta nella sabbia. Dax intanto ritorna in un corpo tutto nuovo.

Worf cerca di vincere una battaglia contro il Dominio per riuscire a dare a Jadzia un posto nell'aldilà dei Klingon. Ezri intanto vorrebbe unirsi a Ben, Joseph e Jake nella ricerca della Sfera dell'Emissario. Kira invece deve trovare un modo per fermare i Romulani.

Ezri deve fare i conti con le diverse reazioni alla sua presenza dei membri dell'equipaggio: Kira cerca di essere amichevole, Quark flirta con lei, Worf non vuole avere niente a che fare, mentre Sisko è felice di vederla.

Sisko viene sfidato dal Capitano Solok, un vecchio rivale vulcaniano dei tempi dell'Accademia della Flotta Stellare, a una partita di baseball sul ponte ologrammi. Egli ha solo due settimane di tempo per trasformare l'equipaggio in una squadra di baseball.

Il dottor Bashir deve eseguire un'innovativa operazione chirurgica per salvare Sarina, una ragazza che si trova in stato catatonico sin dalla sua infanzia. Le cose si complicano quando il medico sviluppa un'attrazione nei suoi confronti.

Odo deve riuscire ad ottenere un clone di Weyoun, che vorrebbe uccidere, per riuscire a tornare sulla DS9 visto che la sua nave spaziale è stata distrutta da i Jem'Hadar. Intanto O'Brien è alle prese con le riparazioni della Defiant.

Worf assicura un posto su una nave a Kor nel momento in cui decidono di sferrare un attacco contro il Dominio. La tensione però sale alle stelle quando quest'ultimo incontra Martok a cui in passato aveva negato lo status di ufficiale per questioni di discendenza.

Sisko cerca di attuare un piano per attaccare il Dominio e entrare nel loro sistema di comunicazione arrivando sul pianeta AR-558 nel Quadrante Gamma. Deve però anche trovare il modo per evitare le mine "invisibili" sparse in quella parte di universo.

Dukat cerca in tutti i modi di convincere Kira a convertirsi ad un culto che adoro i Pah-wraiths quando l'ufficiale viene erroneamente trasportato sulla base spaziale Empok Nor. Dukat deve evitare di essere smascherato.

Nog prende un permesso per motivi di salute e trascorre un po' di tempo nel programma di ologrammi per riuscire a superare il trauma della perdita di una gamba. Infatti, anche se la sua nuova gamba funziona perfettamente, ha ancora qualche problema psicologico. Lo aiuterà Vic Fontaine.

Miles O'Brien scompare mentre si trova segretamente in viaggio per New Sidney, che si trova in un sistema dove la madre di Ezri possiede una fabbrica di mine. Ezri, mentre cerca il suo collega, si riunisce alla famiglia che non vede da tanto tempo.

Il Grand Nagus Zek viene rapito dal Reggente dell'Universo dello Specchio e la Ezri Dax proveniente da quell'universo arriva sulla Deep Space Nine proponendo uno scambio: il Grand Nagus in cambio di un importante dispositivo.

Ezri viene coinvolta nella ricerca di un serial killer a bordo della Deep Space Nine. Per riuscire ad entrare nella mente dell'omicida richiama un vecchio ospite di Dax che si chiama Joran, ma che presto scopre essere difficile da controllare.

Odo incontra un altro mutaforma che capisce essere uno dei 100 inviati per conoscere altre specie e altre culture. Egli, che si chiama Laas, disprezza gli umanoidi e cerca di convincere Odo a fare lo stesso.

Un problema sorge nel programma olografico di Vic Fontain. Il suo casinò viene comprato dai gangster. Per salvare quindi la sua attività tutto l'equipaggio deve organizzare una rapina per potere cacciare da Las Vegas la sua nemesi.

Bashir sta per partire per raggiungere una conferenza su Romulus, dove Sloan, il suo contatto nella Sezione 31, gli chiede di raccogliere informazioni sul Governo romulano. Dopo essersi consultato con Sisko e Ross decide, controvoglia, di accettare.

Sisko acquista un terreno su Bajor, mentre Worf viene segnalato come disperso. Ezri decide quindi di rubare una nave spaziale per andarlo a cercare. Successivamente Sisko chiede la mano di Kasidy, ma riceve un avvertimento che gli fa cambiare idea.

Dukat, che è stato chirurgicamente modificato per assomigliare a un Bajoriano, cerca di entrare in confidenza con Kai Winn. Sisko cancella il suo fidanzamento con Kasidy, ma cambia presto idea un'altra volta.

Ezri e Worf vengono portati su una nave Jem'Hadar dove viene firmato il trattato tra il Dominio e i Breen. Presto però scoprono anche qual è il loro destino. Intanto Kasidy ha qualche difficoltà ad adattarsi alla sua nuova vita di moglie dell'Emissario.

Worf e Ezri tornano sani e salvi sulla Deep Space Nine, ma intanto i Breen lanciano un'offensiva contro il quartier generale della Federazione. Nel frattempo Damar ha in mente un piano per liberare Cardassia dal controllo del Dominio.

Sisko ordina a Kira di insegnare a Damar e alle sue truppe le tecniche della resistenza. Bashir chiede a Odo di dargli una piccola parte di sé perché ha scoperto che può essere la chiave per debellare il virus che sta uccidendo i Fondatori.

Bashir lavora lottando contro il tempo per trovare una cura per salvare i Fondatori; intanto Kira pianifica un modo per rubare ai Breen una tecnologica che renderebbe immuni agli attacchi le navi della Federazione. Inoltre Damar apprende che la sua famiglia è stata uccisa dal Dominio.

Dopo aver portato Sloan della Sezione 31 sulla base spaziale Deep Space Nine, Bashir e O'Brien entrano nella sua mente. Il loro scopo è quello di riuscire a trovare una cura per la malattia che sta uccidendo Odo.

Sisko prende il comando di una nuova nave denominata in onore della Defiant; nel frattempo Kira, Garak e Damar sopravvivono a stento ad un attacco del Dominio. Inoltre Bashir e Ezri si rivelano davanti a un caffè la loro attrazione reciproca.

Sisko lancia l'attacco della Federazione con i Romulani e i Klingon contro il Dominio su Cardassia. Kira, Damar e Garak distruggono su Cardassia una fonte di energia non appena i cittadini si ribellano al Dominio; intanto Ezri e Bashir trascorrono la notte assieme proprio alla vigilia della guerra.